Лучанский продал свою долю Абрамовичу. После приобретения НкАЗ алюминиевый портфель Абрамовича был заполнен. В 2000 году принадлежащие «Сибнефти» Красноярский (КрАЗ), Новокузнецкий (НкАЗ) алюминиевые заводы были объединены с «Сибалом» Олега Дерипаски с целью создания «Русского Алюминия», или «РусАла». Союз этих двух гигантских алюминиевых групп считается самым большим за всю историю России. Создание холдинга, производящего не менее 70 процентов российского алюминия, — это 10 процентов мирового рынка. Доля Абрамовича составляла 3 миллиарда долларов.
В конце 2000 года Абрамович купил у Березовского крупнейший пакет акций ОРТ (49 %) за 170 миллионов долларов. Летом 2001 года Роман Аркадьевич продал акции ОРТ государственному «Сбербанку», причем, по оценке экспертов, он выступил лишь посредником в передаче пакета акций государству и не заработал на перепродаже. Весной 2001 года акционеры «Сибнефти» скупают блокирующий пакет акций компании «Аэрофлот» (26 %).
В мае 2001 года Генпрокуратура России возбуждает несколько уголовных дел в отношении руководства «Сибнефти» по запросу депутатов Госдумы на основании акта Счетной палаты о нарушениях в ходе приватизации «Сибнефти», однако уже в августе 2001 года расследование было прекращено в связи с отсутствием состава преступления.
Летом 2001 года Абрамович с состоянием в 14 миллиардов долларов впервые входит в список самых богатых людей по версии журнала «Forbes».
В октябре 2001 года становится официально известно о создании акционерами «Сибнефти» компании «Millhouse Capital», зарегистрированной в Лондоне и получившей в управление все их активы. Председателем совета директоров «Millhouse» становится президент «Сибнефти» Швидлер.
В декабре 2002 года «Сибнефть» совместно с ТНК приобретают на аукционе 74,95 % акций российско-белорусской компании «Славнефть» (ранее «Сибнефть» выкупила у Белоруссии еще 10 % акций) и впоследствии делят между собой ее активы.
Начиная со второй половины 2003 года компания «Сибнефть» подвергалась проверкам Генпрокуратуры в отношении законности приобретения в декабре 1995 года пакета акций ряда компаний — «Ноябрьскнефтегазгеофизики», «Ноябрьскнефтегаза», Омского НПЗ и «Омскнефтепродукта», а в марте 2004 года Министерство по налогам и сборам предъявило «Сибнефти» налоговые претензии за 2000/01 год в размере около одного миллиарда долларов. Позднее стало известно, что размеры налоговой задолженности были снижены налоговыми органами более чем втрое, а сама задолженность была уже возвращена в бюджет.
В 2003 году произошла еще одна попытка слияния «Сибнефти» и компании «ЮКОС», которая срывается по инициативе Абрамовича после ареста Ходорковского и предъявления «ЮКОСу» многомиллиардных налоговых претензий.
В июле 2003 года компания «Millhouse Capital» объявила о приобретении у известного международного производителя и продавца лекарств ICN Pharmaceuticals Inc. всех его российских активов. Сумма сделки составила 55 миллионов долларов. Тогда Абрамовичу, интересы которого представляла инвестиционная компания «Профит Хаус», удалось опередить остальных участников тендера, предложив за «ICN Россия» на 5 млн больше, чем конкуренты. В распоряжении «Millhouse Capital» оказались пять промышленных предприятий: «Октябрь» (Санкт-Петербург), «Лексредства» (Курск), «Полифарм» (Челябинск), «Марбиофарм» (Йошкар-Ола), «Томскхимфарм» (Томск), сеть из 96 аптек и аптечных киосков по всей стране, московский офис ICN площадью 12 000 кв. м. и все товарные знаки, принадлежавшие «ICN Россия». В этом же году приобретенные фармацевтические активы были переданы для управления группе «Биовит», которая уже владела производственными мощностями в Уфе и Нижнем Новгороде. Сразу же провели реструктуризацию, в результате которой было принято решение о продаже аптек и сети распространения. На челябинском «Полифарме» было свернуто производство, и все оборудование переправили на курское предприятие «Лексредства». Такая же участь в 2006 году постигла и санкт-петербургский «Октябрь». В течение 2003–2005 гг. Абрамович продал свои пакеты акций «Аэрофлота», «Русского алюминия», «Иркутскэнерго», Красноярской ГЭС, «РусПромАвто» — и, наконец, в октябре 2005 года продал свой пакет акций (75,7 %) компании «Сибнефть» «Газпрому» за 13,1 миллиарда долларов.
ОАО «НК ЮКОС» — российская нефтяная компания, существовавшая с 1993 года. О ее банкротстве было объявлено1 августа 2007 года