Молодого государя быстро и «правильно» женили. Афимья Всеволожская, выбранная было на смотринах самим Алексеем в 1647 году из двухсот девиц, от радости (или из-за слишком туго заплетённых волос) упала в обморок, была обвинена в «падучей болезни» и сослана вместе с родителями в Сибирь — правила дворцового «конкурса красоты» были жестоки. Царицей же в январе следующего года стала избранная уже Морозовым Мария Милославская, на сестре которой тогда же женился сам царский «дядька».
Вслед за новоиспечённым боярином и царским тестем Ильёй Даниловичем Милославским Морозов пристроил к власти и других своих людей. Окольничий Пётр Траханиотов стал руководителем Пушкарского приказа, Леонтий Плещеев — судьёй Земского приказа, ведавшего в столице борьбой с преступностью; он прославился вымогательством и жестокостью, похваляясь: «У меня де Москва была в руке вся, я де и боярам указывал!»
Правительство Морозова попыталось перенести тяжесть обложения с прямых на косвенные налоги: в 1646 году цену на соль увеличили в три раза — и её перестали покупать. Реформа провалилась, и власти объявили о сборе отменённых перед тем прямых налогов, чем вызвали массовое недовольство, в июне 1648 года в Москве вылившееся в восстание. Юный царь впервые столкнулся лицом к лицу с народной толпой, требовавшей казни Морозова и других «изменников».
«...июня в 4 день миром и всею землёю опять за их великую измену и за пожег возмутились и учели их, изменников Бориса Морозова и Петра Траханиотова, у государя царя просить головою. А государь царь тое ночи июня против 4 числа послал Петра Траханиотова в ссылку, на Устюг Железной воеводою. И видя государь царь во всей земле великое смятение, а их изменничью в мир великую досаду, послал от своего царьского лица окольничево своего князь Семёна Романовича Пожарсково, а с ним 50 человек московских стрельцов, велев тово Петра Траханиотова на дороге сугнать и привесть к себе государю к Москве. И окольничей князь Семён Романович Пожарской сугнал ево, Петра, на дороге у Троицы в Сергееве монастыре и привёз ево к Москве связана июня в 5 день. И государь царь велел ево, Петра Траханиотова, за ту их измену и за московской пожег перед миром казнить на Пожаре. А тово Бориса Морозова государь царь у миру упросил, что ево сослать с Москвы в Кирилов монастырь на Белоозеро, а за то ево не казнить, что он государя царя дятка, вскормил ево, государя. А впредь ему Борису на Москве не бывать и всем роду ево Морозовым нигде в приказех у государевых дел, ни на воеводствах не бывать и владеть ничем не велел. На том миром и всею землёю государю царю челом ударили и в том во всём договорилися. А стрельцов и всяких служивых людей государь царь пожаловал, велел им своё государево жалованье давать денежное и хлебное вдвое. А которые погорели, и тем государь жаловал на дворовое строенье по своему государеву разсмотренью. А дятку своево Бориса Морозова июня в 12 день сослал в Кирилов монастырь под начал»4
.Самодержцу Алексею Михайловичу пришлось уступить — выдать людей Морозова на казнь. Но он проявил характер: «отмолил» своего «дядьку» от расправы, отправил отсидеться в монастырь, а когда опасность миновала, вернул ко двору. Урок пошёл на пользу: был созван Земский собор и через несколько месяцев Россия получила Соборное уложение, состоящее из 967 статей, объединённых в 25 глав.