Патриарх казался всесильным. Но против него действовали как вчерашние сторонники — «ревнители благочестия», недовольные откровенным равнением Никона на греческое богослужение, так и отодвинутая им от власти московская знать. Да и возмужавший царь уже не хотел, как прежде, терпеть другого «великого государя». Начались несогласия и столкновения — властный патриарх трактовал некогда данную Алексеем клятву как своё право не только поучать царя в церковных делах, но и участвовать наравне с ним в мирских. Со всех сторон Алексей Михайлович слышал упрёки: «Доколе терпишь такова Божию врагу? Смутил всю русскую землю и твою царскую честь попрал, и уже твоей власти не слышать на Москве, а от Никона всем страх, и его посланники пуще царских всем страшны».
В 1658 году произошёл разрыв. Никон отказался от патриаршества «на Москве», но сохранил за собой архипастырский сан, надеясь вернуть церковный престол на своих условиях. «Дело» опального патриарха затянулось на несколько лет и из личной ссоры царя с предстоятелем превратилось в принципиальный вопрос о взаимоотношениях духовной и светской властей. Никон не признавал никаких обвинений и, в свою очередь, доказывал: «Не от царей начальство священства приемлется, но от священства на царство пользуются... яко священство царства превыше есть».
Благочестивый государь даже после разрыва с Никоном не мог самостоятельно сменить или судить патриарха — это могли сделать лишь другие патриархи. Только на церковном соборе 1666—1667 годов с участием александрийского и антиохийского патриархов Никон был осуждён и лишён сана. Опальный не смирился: высмеял своих судей как «бродяг» и «султанских невольников», отказался принять царские подарки и отправился в северный Ферапонтов монастырь простым монахом. Он пережил царя и умер в 1681 году, возвращаясь из ссылки по милости его наследника.
Разрыв с Никоном причинил впечатлительному Алексею Михайловичу большое душевное страдание. На соборе он со слезами просил патриархов очистить его от предъявляемых Никоном упрёков в стремлении унизить церковь и овладеть её достоянием. Но царь остался верен церковной реформе, да и не мог уступить — второй Романов, как и все его преемники, был глубоко убеждён в высочайшем значении царского сана и власти, перечить которой никто не имел права.
Добрый царь долго терпел боярыню Федосью Морозову, зная, что дома она молится по-старому, носит власяницу, переписывается с заточённым в Пустозёрске Аввакумом, а её московские палаты являются пристанищем старообрядцев. Царь просил Морозову покориться хотя бы для виду: «Дай мне такоевое приличие людей ради... не крестися треми персты, но точию руку показав...» Боярыня «приличия ради... ходила к храму», то есть посещала никонианское богослужение, но после тайного пострига перестала бывать во дворце, не явилась на царскую свадьбу и отказалась причащаться по служебнику, по которому «государь царь причащается и благоверная царица и царевичи и царевны». Тогда ослушница была схвачена, заточена, а потом по царскому приказанию уморена голодом в земляной тюрьме в Боровске в 1675 году. Другие покровители старообрядчества могли сохранять своё положение, поскольку открыто не выказывали непослушания и не посягали на царский авторитет. Однако многолетнее сопротивление иноков и работников Соловецкого монастыря царским войскам и деятельность ярких лидеров раскола наносили урон престижу государства, демонстрируя неповиновение царской и церковной власти. Крайним проявлением протеста против новаций Никона стали самосожжения — в том же году царь узнал, что под Арзамасом «самозгорело деревни Коваксы розных помещиков крестьян на двух овинах 73 человека».
Во время войны с Речью Посполитой Алексей Михайлович лично отправился в район боевых действий и во главе победоносных войск в 1654 году въехал в освобождённый от поляков Смоленск, а в следующем — в Вильно, поверженную столицу Литвы. В походах он возмужал и превратился из юноши в солидного мужчину, настоящего московского царя. Парсуны — изображения реальных лиц в иконописной манере, но с индивидуальными портретными чертами — донесли до нас облик Алексея, который совпадает и дополняется описанием государя в пору его зрелости, оставленным жившим в Москве племянником царского врача Яковом Рейтенфельсом: