Уложение впервые выделило в особую главу вопросы уголовно-правовой защиты государя и его «чести», причём даже умысел на «государское здоровье» карался смертной казнью; то же наказание грозило участникам любого выступления «скопом и заговором» против бояр, воевод и приказных людей, то есть всех представителей власти.
Создание, согласно Уложению, Монастырского приказа означало наступление на права Церкви: его чиновники судили духовенство и подчинённых ему светских лиц, взыскивали подати с церковных вотчин.
Уложение стало важнейшим этапом утверждения в стране крепостного права. Закон вводил бессрочный сыск беглых крестьян «и их братью, и детей, и племянников, и внучат з жёнами и з детьми и со всеми животы». Вводился также штраф за укрывательство (десять рублей за каждого беглого). Правда, крестьяне ещё не лишились личных прав: по Уложению они могли владеть и распоряжаться имуществом, быть истцами и ответчиками в суде, наниматься на работу к другим лицам. Уложение устанавливало рублёвый штраф за «бесчестье» как черносошного, так и «боярского» крестьянина. Хотя обидчики крестьян платили в 50 раз меньше, чем хулители бояр, всё же закон официально признавал «честь» крепостного... Но эти права подвергались всё большим ограничениям. По Соборному уложению долги помещика могли быть взысканы с его крестьян.
При царе Алексее сложилась государственная система сыска: теперь помещик уже не сам «гонял за людишками», а обращался к специалистам, которые во главе стрелецких отрядов разыскивали и возвращали беглых. Именно в это время дворяне начали свободно продавать и покупать крестьян.
Новым наперсником царя стал столь же властный и решительный, как Морозов, патриарх Никон — в миру Никита Минов (1605—1681). Выходец из семьи мордовского крестьянина обучался книжной премудрости в Макарьевом Желтоводском монастыре, в 20 лет стал священником, в 30 постригся в монахи в отличавшемся строгим уставом Анзерском скиту на Белом море. Не поладив с его начальником старцем Елеазаром, он уплыл из обители на лодке и едва не погиб — буря выбросила его на берег Кийского острова в Онежской губе. Через несколько лет суровый отшельник стал игуменом небольшого Кожеозерского монастыря. В 1646 году он появился в Москве, произвёл впечатление на юного царя и стал по его рекомендации настоятелем столичного Новоспасского монастыря (там находилась родовая усыпальница Романовых), а затем новгородским митрополитом.
Энергичный Никон своей стойкостью во время народного возмущения в Новгороде в 1650 году, когда он силой пастырского слова «смирял» недовольных новгородцев, заслужил признательность государя. «Великому господину и богомольцу нашему, преосвященному и пресветлому митрополиту Никону новгородцкому и великолутцкому, собинному нашему другу душевному и телесному. Спрашиваем о твоём святительском спасении, как тобя, света душевного нашего, Бог сохраняет, а про нас изволишь ведать, и мы по милости Божии и по вашему святительскому благословению как есть истинный царь христианский наричюся, а по своим злым мерским делам не достоин и во псы, не токмо в цари», — обращался Алексей Михайлович в мае 1652 года к новому наставнику, извещая его о кончине патриарха Иосифа и приглашая в Москву.
Царь звал Никона не просто как близкого человека — он решил сделать того патриархом. В стране уже появилось движение «ревнителей благочестия». Вспоминая страшные потрясения Смуты, подвижники из провинциального и московского духовенства опасались за судьбу России — единственного православного царства. Но спасение они видели не в удалении от мира, а в борьбе с любыми «неисправлениями» церковной жизни и поведения паствы. Возглавляли этот кружок царский духовник протопоп Стефан Вонифатьев и его друзья, искренние и талантливые проповедники: священники Иван Неронов из Казанского собора в Москве, Аввакум из Юрьевца, Даниил из Костромы, Логин из Мурома. В их числе был и близкий друг царя окольничий Фёдор Михайлович Ртищев. Туда вошёл и Никон — молодой, но уже опытный инок и властный организатор. Вместе с новым другом Алексей Михайлович участвовал в «открытии» мощей святого Саввы Сторожевского и в перенесении в Москву мощей другого святого — бывшего митрополита Филиппа Колычёва, свергнутого и убитого по приказу Ивана Грозного. В 1652 году молодой государь сам написал «повинную» грамоту, в которой просил у святителя прощения за «согрешения прадеда нашего».