Без колебаний, уничтожая всех и вся, что мешало его делу государственно-имперского созидания, Пётр I свою «венценосную руку» на Патриарха всё-таки не поднял. При этом сомнений, что Церковь, в первую очередь в лице самого Святейшего, «государево дело» не только не одобряет, но и часто и осуждает, у Царя не имелось. Смерть в октябре 1700 года Патриарха Адриана не привела к скорой ликвидации института Патриаршества в России, хотя Пётр и противился созыву очередного церковного собора.
Начиная с декабря 1700 года, более двадцати лет, Русскую Православную Церковь возглавлял «Местоблюститель Патриаршего престола» блестяще богословски образованный Рязанский митрополит Стефан Яворский (1658–1722). При этом полномочия «экзарха-блюстителя» по сравнению с патриаршими были существенно ограничены.
В Указе о Сенате от 2 марта 1711 года, носившем название: «О власти и ответственности Сената», Монарх прямо обозначил ведомственные приоритеты в России, подчинив духовенство компетенции государственного учреждения в образе Сената и установив жесточайшее наказание за ослушание. «Повелеваем всем, кому о том ведать надлежит, как духовным, так и мирским, что Мы, для всегдашних Наших в сих войнах отлучках, определили управительный Сенат, которому всяк и их указам да будет послушен так, как Нам Самому, под жестоким наказанием или смертию, по вине смотря».
Ещё более определённо ведомственная подчинённость земной Церкви была обозначена в Указе Сената от 22 января 1716 года, который был доведён до сведения всех архиереев. Этим Указом все священнослужители под присягой обязывались исполнять следующие требования: 1. Не отлучаться из своих епархий, кроме «крайних случаев». 2. Мягко обращаться с противниками Церкви. 3. Не строить Церквей «более необходимого». 4. Назначать новых священников только по мере потребности. 5. Объезжать свои епархии не реже одного раза в два-три года. 6. Не вмешиваться во внецерковные дела («В мирские дела не входить ни для чего»).
Теперь Церковь фактически подчинялась не только царской воле, но и распоряжениям государственного ведомства. Подобное положение неизбежно должно было привести к полной административной интеграции церковного управления в систему административного аппарата, что и произошло через несколько лет с возникновением Святейшего Синода.
Сама продолжительность реформирования управления Церковью свидетельствовала о том, что Царю, никогда не любившему долгих процедур в деле преобразований, было весьма непросто решиться на кардинальную меру. Насколько известно, впервые публично Царь высказал мысль о замене Патриаршего управления коллегиальным в ноябре 1718 года. Когда Местоблюститель Стефан Яворский написал Царю, что ему неудобно постоянно жить в столице, так из-за этого страдает управление Рязанской епархией, то Пётр наложил резолюцию: «Для рязанских дел надлежит епископа устроить», а для «лучшего впредь управления (Церковью
Идейным обоснованием замены единоличной власти Патриарха коллегиальным управлением под государственным контролем стал «Духовный регламент», к подготовке которого, по приказу Царя, в том же 1718 году приступил пламенный сторонник всех царских преобразований, его самый преданный клеврет из круга церковной иерархии – епископ Псковский Феофан Прокопович (1681–1736). Затем несколько лет этот документ обсуждался в Сенате с привлечением церковных иерархов, а также в местных епархиях. В конце концов, все архипастыри, включая и Местоблюстителя, поставили свои подписи.
В январе 1721 года появился «Регламент, или Устав Духовной коллегии», согласно которому церковное управление переходило к Духовной коллегии. Пётр I ясно провозглашал свою волю: «Устанавливаем Духовную Коллегию, то есть Духовное Соборное Правительство, которое по следующем здесь Регламенте, имеет всякие духовные дела во Всероссийской Церкви управлять». В феврале того же года Духовная коллегия была переименована в Святейший Синод. 14 февраля 1721 года появился царский указ, предписывавший на церковных службах вместо имени Патриарха возносить имя Святейшего Синода.
Петровский «духовный коллегиум» – Синод – стал, по существу, государственным «ведомством духовных дел» во главе с чиновником-обер-прокурором. Закон определял права Синода как «равнопатриаршие» и вменял ему в обязанность «сообразовываться с правилами Вселенских Соборов». Фактически же «Духовный регламент» игнорировал историческое понимание соборности, а вся практика Синода являлась нарушением принципов Вселенских Соборов. Очень точно это внутренне противоречие обозначил Л.А. Тихомиров: «Синод должен заменить и Соборы и Патриарха. Но в действительности власть собора и власть патриарха совершенно различны. Если Синод есть Собор – то он не патриарх. Если Синод есть патриарх, то он не Собор. В действительности Синод не есть ни то ни другое и не может исполнять обязанности ни собора, ни патриарха». Такое заключение вытекало из всей последующей деятельности Синода.