Монарх стал верховным распорядителем земных церковных дел, что и было законодательно зафиксировано. «Император, яко Христианский Государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры, и блюститель правоверия и всякого в Церкви святой благочиния».
Утверждение безраздельной супрематии светской власти в делах церковного земного устроения привело к каноническому абсурду: в 1797 году в Акте о престолонаследии Павла I Император был назван «главой Церкви». Эта явная цезарепапистская формулировка была столь вопиюще несуразна, что потребовала особого законодательного уточнения, где церковная прерогатива Монарха была оговорена функциями защиты и попечения. В закон было внесено специальное примечание, гласившее, что исключительно в этом смысле «Император в акте о наследовании престола именуется Главою Церкви».
«Воля монаршая» начинала определять не только общие вопросы церковного управления, но и регламентировать мельчайшие формы церковного обряда. Один характерный пример. 15 марта 1721 года появился царский указ, носивший название: «Пункты о иеромонахах, состоящих на флоте». В законе говорилось, что иеромонахи на флоте призваны «не властительствовать», но только «духовные дела править». Им предписывалось три функции: «молитвы читать», исповедовать и причащать, «больных посещать и утешать», а «более ни в какие дела не вступать». На этом детализация функций не заканчивалась. Пастырям приказывалось, «службу церковную исполнять», «собирать на молитву» в «назначенное время» следующим образом: «Поставить дароносицу со Святыми Тайнами» и «иконы две или три, на которых письмо видно было бы», а «свеч излишних не налепливать», чтобы «кораблю повреждений не учинить». В свободное же от общей молитвы время пастырь обязывался «сидеть в своей каюте тихо» и «служителей корабельных к себе не созывать».
Пётр I утвердил абсолютную власть царя земного в делах Церкви, которая до сих пор служила Царству Небесному. Отныне Церковь привязывалась к государственной службе и ставилась под управление «соборного правительства». Его главу Монарх назначал не из клира. Отношение власти к традиционной Святоотеческой вере стало напоминать форму религиозных преследований. Руководствуясь «Регламентом», Синод издавал указ за указом, «воспрещавшим» и «отменявшим» исторические формы церковности. Эти меры касались обрядности, крестных ходов, хождения с образами, дорогих окладов на иконах, умножения часовен, годичного хранения пасхального артоса (просфор) и богоявленной воды. Говоря о петровских церковных нововведениях, один из архипастырей удачно заметил, что это была «колкая сатира на религиозность наших предков».
Указ от 22 апреля 1722 года вообще превращал духовенство фактически в государственных служащих. Священники не только при вступлении в должность должны были приносить присягу на верность Монарху, но и обязывались доносить о всяком ущербе интересам Императора и даже, что было вообще беспрецедентным в истории Православия, нарушать тайну исповеди и сообщать властям «об открытых на исповеди воровстве, измене и бунте на государя или иное злое умышление на честь и здравие государево и фамилию Его Величества». Подобное распоряжение – каноническое преступление, так как тайна исповеди – нерушимая основа Церкви Христовой с самого момента её возникновения.
Насилия над церковным сообществом искажали, порой до неузнаваемости, свою предшествующую систему церковно-государственных отношений. Соборное мнение Церкви, если оно не соответствовало видам Преобразователя, не имело для него никакого значения. Сохранилась красочная зарисовка поведения Царя-Императора в момент утверждения нового церковного устроения. «Его Императорское Величество, присутствуя в собрании с архиереями, – писал очевидец, – приметив некоторых усиленное желание к избранию Патриарха, о чем неоднократно от духовенства предлагаемо было, вынул одною рукою из кармана к такому случаю приготовленный Духовный Регламент и, отдав, сказал им грозно: «Вы просите Патриарха; вот вам духовный патриарх, а противомыслящим сему (выдернув другою рукою из ножен кортик и ударяя оным по столу) вот булатный патриарх!» Потом, встав, пошел вон. После сего оставлено прошение о избрании Патриарха и учрежден Святейший Синод».
Самоуправство правителя, вызывая глухой ропот православного сообщества, к открытым столкновениям его с властью не привело. Пётр Алексеевич являлся Царем природным, законным, миропомазанным, а это парализовало все возможные попытки противодействия. Сам же факт несправедливого и незаконного царского своеволия в пастырской среде всегда осознавался. Озвучивать критику решались немногие, но тем не менее такие голоса звучали.