Коренной переворот в отношениях произошёл во время войны Петра I против Швеции. Гетман Иван Мазепа узнал, что русская армия, занятая защитой дороги на Москву, не выделила никаких сил для оказания помощи Украине. Это открытие подняло вопрос о соблюдении условий Переяславского договора: и в феодальной, и в степной дипломатии считалось, что сюзерен, который не может или не хочет обеспечить защиту своего вассала, не вправе ожидать сохранения верности.
Мазепа решил связать судьбу своей страны со шведами и поляками, надеясь, что со временем Украина станет равноправным партнёром Литвы и Польши. Реакция Петра была быстрой и безжалостной. Он обвинил гетмана в измене и послал в Батурин, город, где находился штаб Мазепы, армию под командованием князя Меншикова. Город был захвачен, все жители перебиты. Повсюду русские командиры отыскивали сторонников гетмана, допрашивали и отправляли на казнь или в ссылку. Сторонников Мазепы оказалось меньше, чем ожидалось, возможно, из-за демонстративной жестокости Петра, возможно, из-за того, что многие казаки не захотели подчиниться католическим властям.
Эти события открыли путь к полной интеграции Украины в Российскую империю. Украинскими делами стала заниматься не Коллегия иностранных дел, а Сенат. Это означало, что Украина стала составной частью России. Гетманство упразднили в 1763 году. Впрочем, этот институт всё равно находился в состоянии упадка, ведь казакам приходилось совмещать несение воинской службы с обработкой земли без привлечения крепостных. Растущая поляризация казаков ослабляла их чувство общей политической судьбы: бедные казаки и горожане искали у русской администрации защиты от эксплуатации своими богатыми соседями и начальством.
Кроме того, от полной ассимиляции в имперское дворянство выиграла и украинская знать. Прежде всего, их крестьяне стали крепостными. Далее, благодаря более высокому уровню культуры и образования украинцы часто получали преимущество перед русскими в борьбе за официальные посты. Империя позволяла им применить свои таланты, предоставляя для этого более широкие возможности, чем родная Украина.
К 1780-м годам гетманство было упразднено, и Левобережная Украина поделена на те же губернии, которые существовали в остальной части империи. Казачьи части вошли в состав российской армии, сохранив названия, униформу и звания как напоминание об отдельном статусе. Сечь не только прекратила своё существование, но её укрепления были разрушены и сровнены с землёй, так как уже не имели значения в качестве противостояния туркам.
Процесс утраты Украиной своего национального своеобразия был более сложным по сравнению с аналогичными процессами в других регионах. В период с конца XVIII века по конец XIX века сельская элита Украины стала во всех отношениях русской, тогда как большие города явно несли черты космополитизма: русские, евреи, поляки, немцы, греки и другие народы жили бок о бок. Крестьяне говорили на разнообразных украинских диалектах, но при этом вовсе не испытывали чувства принадлежности к украинской нации. Идея национальной украинской обособленности сохранилась разве что в умах образованных людей, интересовавшихся литературой, фольклором и древностью.
БЕССАРАБИЯ. Бессарабия представляла собой продолжение южной части Украины со сходным смешанным городским населением, только крестьянство было румынским. Узкую полоску земли между реками Днестр и Прут Россия завоевала в 1812 году. Бессарабия составляла северо-восточную половину провинции Молдавия, одного из двух румынских княжеств, бывшего предметом спора между Российской и Османской империями с начала XVIII века. Традиционно управляемая румынскими боярами, она была жертвой особенно непереносимого налогового гнёта, при котором крестьяне, несмотря на плодородные земли, оставались одними из самых беднейших в Европе.
После Крымской войны и провозглашения независимости в 1861 году Бессарабия на некоторое время стала частью Румынии и даже после возвращения по решению Берлинского конгресса оставалась единственной европейской территорией России, на которую предъявляло претензии другое национальное государство.
После первой аннексии 1812 года Бессарабия некоторое время пользовалась автономией по типу той, что была дарована Финляндии, но утратила её в 1828 году. Бедность региона и его доступное положение заставили власти империи сделать всё возможное, чтобы ослабить местную элиту и установить там российское чиновничество. Русские помещики получали в Бессарабии землю. К концу XIX века эта область стала приютом для нового, беспочвенного русского правящего класса; именно здесь во множестве расцвели монархистские и антисемитские движения.