Дойдя до Москвы, Наполеон понял — впрочем, возможно, это произошло ещё раньше — эта война совсем не похожа на те (за исключением испанской), которые он вёл раньше. Когда пламя охватило город, распространившись даже на Кремль, французский император, наконец, осознал — не будет ни решающей победы, ни переговоров о мире. Тогда Наполеон, как говорят, воскликнул: «Это война на истребление, это ужасная стратегия, которая не имеет прецедентов в истории цивилизации… сжигать собственные города!.. Этим людям внушает демон! Какая свирепая решимость! Какой народ! Какой народ!»
Тем не менее русские сначала не решились на такую стратегию. Александр и его генералы боялись пускать Наполеона в глубь страны, как из-за возможных разрушений, так и из-за его потенциально опасного влияния на крепостных, которых французский император пообещал освободить от рабства. Вот что писал один помещик: «Наши мужики, благодаря Пугачёву и другим горячим головам, ещё мечтают о какой-то вольности».
В начале войны Александр планировал дать французской армии достойное сражение недалеко от границы и уж никак не намеревался пускать противника к Смоленску. С этим соглашались все военачальники, даже Барклай де Толли, наиболее стойкий приверженец «скифской стратегии». Именно необъятные просторы страны и репутация французской армии привели к тому, что решающее сражение состоялось лишь под Бородино, когда противник прошёл девяносто процентов пути до Москвы.
Готовясь к возможным внутренним беспорядкам, Александр распорядился расквартировать в каждой губернии по триста солдат на тот случай, если положение начнёт выходить из-под контроля. И действительно, вскоре после вторжения французов граф Ростопчин докладывал, что в Смоленской губернии одна староверческая секта привлекла в свои ряды около полутора тысяч крепостных, пообещав им свободу, дарованную Наполеоном.
В Литве и Белоруссии начались волнения: крестьяне, очевидно, поверив, что Наполеон освободит их, отказывались идти на военную службу, грабили помещичьи усадьбы и изгоняли помещиков. При приближении французов в одной из деревень на сходе решили убить барина, известного своей жестокостью, сжечь его дом, а имущество поделить.
Конечно, в этих регионах большинство землевладельцев составляли поляки, поэтому реакцию крестьян можно интерпретировать как патриотическую. Но подобные беспорядки возникали и дальше на востоке: например, в одном из смоленских уездов крестьяне объявили себя французскими гражданами. Для восстановления порядка пришлось прислать карательный отряд. При этом единственным побудительным мотивом волнений, похоже, была надежда на освобождение, и по мере того, как французский император доказывал своими действиями — посылкой карательных экспедиций и восстановлением прав помещиков — несбыточность надежд крестьян, беспорядки прекращались. Тем самым Наполеон превратил войну в проблему национального выживания. Чувства крестьян хорошо выразила прокламация одного из партизанских вождей: «Вы люди русской веры! Вы православные крестьяне! Вооружайтесь за веру и умирайте за царя!».
Этот эффект ещё больше усилила новая черта, характерная для войны 1812 года. В большинстве предыдущих кампаний Наполеон ещё на ранней стадии войны громил основную армию противника, а потому военные действия завершались сравнительно быстро и велись вдоль вполне приемлемых путей сообщения, что не создавало проблем со снабжением. В России впервые, если не считать Испании, французский император оказался втянутым в неопределимую по времени войну, уйдя далеко от надёжных источников продовольствия. Неудивительно, что вскоре его солдаты занялись грабежом окрестных сёл.
Крестьяне стали на защиту своих дворов и урожая. Это стало возможно ещё и в связи с появлением партизанских отрядов. Иногда эти отряды не просто защищались, но и уничтожали дома, сжигали посевы, чтобы те не достались французам, и исчезали в лесах, где формировали вооружённые группировки. В результате — особенно после отступления из Москвы — война превратилась в народную. На всём протяжении пути к границе французы подвергались нападениям. Фельдмаршал Кутузов объяснил послу Наполеона, генералу Лористону, что крестьяне смотрят на французов так, как несколько веков назад смотрели на татар.
Партизанские отряды в большинстве своём состояли из лёгкой кавалерии и казаков и находились под командой молодых офицеров-добровольцев, но во многом зависели от информации и помощи местных жителей, а иногда даже привлекали их в свои ряды. Некоторые отряды полностью состояли из крестьян, как, например, отряд Четвертакова, крестьянина, дезертировавшего из армии в 1804 году и битого за это кнутом. Действуя в районе Гжатска, Четвертаков защищал деревни от нападений, а иногда совершал молниеносные рейды против небольших отрядов французской армии, захватывая оружие и снаряжение.