Ночью 13 марта Колесов вернулся в Новую Бухару в сопровождении 46 солдат и принял командование над пятью или шестью сотнями стоявших там русских войск. Он посовещался с комитетом Ходжаева, и 14 марта во второй половине дня они послали эмиру совместный ультиматум, дав ему на размышление 24 часа. Алим должен был отправить в отставку своих министров, разоружить войска и передать всю полноту власти Исполнительному комитету, состоящему из младобухарцев, которые дадут ему советы относительно назначения нового правительства. В случае если эмир откажется выполнить эти условия, Колесов и младобухарцы планировали напасть на столицу. Получив такой ультиматум, эмиру ничего не оставалось, как драться. Сдаться на милость младобухарцев и их большевистских союзников означало бы спровоцировать гражданскую войну, в которой большинство его подданных пошли бы за религиозными фанатиками, а те, в свою очередь, выдвинули бы нового претендента на трон. Шансы, что русские захотят и смогут обеспечить Алиму эффективную поддержку в такой ситуации, как они сделали это в 1868 году в отношении его деда, были малы, учитывая революционные цели большевиков и шаткость их собственных позиций в России. Единственная надежда Алима состояла в том, чтобы положиться на свои войска и на неприязнь, которую его подданные демонстрировали в отношении младобухарских отщепенцев и их неверных союзников. Приняв такое решение, эмир стал тянуть время, собирая свои силы. Он согласился принять требования младобухарцев в принципе, но утверждал, как неоднократно делал это в прошлом году, что невежество и фанатизм его подданных допускают только очень постепенные реформы. В качестве слабого компромиссного жеста он заменил своего печально известного кушбеги Низам ад-Дина столь же реакционным, но менее известным Осман-беком.
Однако ни от Колесова, ни от младобухарцев нельзя было отделаться так просто. Ранним утром 15 марта они начали наступление на старый город и выиграли первую стычку менее чем в миле от его стен. Когда его первоначальная тактика затягивания времени не привела к успеху, Алим сделал другую попытку: он попросил перемирия и заявил о своей готовности принять все требования. Нападавшие отошли в Новую Бухару, куда к ним явились представители эмира, которые не только приняли ультиматум, но объявили о намерении Алима предоставить все гражданские свободы, отменить телесные наказания, смертную казнь и несколько завышенных налогов. Посланцы Алима просили только дать ему три дня, чтобы он мог убедить свои фанатичные войска разоружиться. Вместо трех дней Колесов дал эмиру один, и делегация из пяти человек с охраной из 25 всадников отправилась в старый город, чтобы наблюдать за разоружением войск эмира. Ночью на место, где остановились делегаты, напала толпа и перебила их. Было ли это сделано по приказу властей или с их молчаливого одобрения, неизвестно. Спастись удалось только двум кавалеристам из охраны, которые и сообщили о судьбе своих товарищей Колесову, находившемуся в Новой Бухаре.
Эмир использовал короткую передышку, чтобы дождаться подкреплений и разрушить часть железной дороги и телеграфную линию, соединявшую Новую Бухару с русским Туркестаном. 16 марта, обнаружив, что они отрезаны от любой помощи, русские в отчаянии полтора дня обстреливали старый город, пока у них не кончились боеприпасы, но все безрезультатно. Их неудовлетворительная меткость была объявлена бухарским духовенством знаком вмешательства высших сил. 17 марта Колесов дал приказ об отступлении в сторону советской границы в Каттакургане. Опасаясь репрессий со стороны местной власти, к войскам присоединились несколько тысяч русских и бухарцев, проживавших в Новой Бухаре, а также младобухарский революционный комитет. Из-за нападений отрядов бухарской конницы и разрушений на железной дороге за первые два дня солдаты и беженцы продвинулись всего на 30 миль (часто им приходилось снимать рельсы, по которым они проезжали, и снова класть их перед собой). 19-го Колесов остановился в Кизыл-Тепе и отправил к эмиру делегацию с просьбой дать ему мирно покинуть ханство. Не желая больше рисковать своими людьми, он послал с этой миссией Введенского и Мир Бадалева, которые как чиновники царского и временного режимов считались расходным материалом. Алим ответил требованием выдать руководящих членов революционного комитета Ходжаева, Фитрата и Бурханова, но Колесов отказался выполнять это условие из-за протестов многих гражданских беженцев.