В Ташкенте власть Советов была окончательно установлена 1 ноября, когда местный Совет, состоявший из большевиков и левых эсеров, арестовал Туркестанский комитет Временного правительства. Уже с 13 сентября, когда Ташкентский Совет при поддержке солдат Ташкентского гарнизона впервые провозгласил, что берет в свои руки власть над всем русским Туркестаном, началась его борьба за власть с Туркестанским комитетом и генералом Коровиченко, которого Керенский отправил восстанавливать порядок. Большинство других Советов в Центральной Азии, включая Советы в русских поселениях Бухары, считали попытку Ташкентского Совета захватить власть преждевременной. Однако к концу октября, с приходом известия об объявлении власти Советов в Петрограде, Советы Туркестана и Бухары выстроились вслед за Ташкентом. 20 ноября Туркестанский краевой Совет был переименован в Совнарком Туркестанского края, его председателем стал бывший железнодорожный рабочий-большевик Ф.И. Колесов. В течение недели советская власть была установлена в русских поселениях Бухары: областной Совет отменил четыре исполнительных комитета и муниципальные думы и занял резидентство в Новой Бухаре. 2 декабря II областной съезд Советов избрал Совет народных комиссаров русских поселений, подчиненный самому съезду и Ташкентскому Совнаркому. Таким образом, меньше чем за шесть недель после большевистской революции в Петрограде для русских обитателей Бухары была создана советская власть в миниатюре.
Несмотря на громкие заявления, поначалу новая русская власть была вынуждена принять в отношении правительства эмира довольно консервативную политику. В то время, когда большевики захватили контроль, Центральная Азия уже была отрезана от прямых наземных контактов с европейской частью России. 17 октября атаман А.И. Дутов и его казаки захватили Оренбург и остановили движение по Оренбургско-Ташкентской железной дороге. В конце ноября, как раз в то время, когда большевики устанавливали свою власть в русских поселениях Бухары, Ташкент оказался перед лицом другой серьезной угрозы. 28 ноября в ответ на отказ Ташкентского Совнаркома в предоставлении Туркестану территориальной автономии и в участии мусульман в его правительстве IV съезд туркестанских мусульман заявил об автономии региона в составе Российской Федерации и создал правительство в Коканде в противовес Ташкенту. Столкнувшись с такими срочными делами, режим Колесова не захотел создавать себе новых проблем в отношении Бухары. Соответственно Ташкент 29 ноября признал независимость Бухары и проинструктировал резидентство и Новобухарский Совет просто попросить эмира отменить смертную казнь и все виды телесных наказаний. Сложная схема проведения реформ под русским контролем, разработанная при Временном правительстве, была сведена к этим двум вежливым просьбам, но даже их проигнорировал эмир, который теперь полностью находился под влиянием Низам ад-Дина и ультраконсерваторов. Ташкент строго запретил русским властям в ханстве возбуждать любые народные волнения, направленные против власти эмира, а Алима заверили в дружбе Советской России в обмен на лояльность и поддержание внутреннего порядка. Таким образом, первоначально политика большевиков в отношении Бухары имела больше общего с политикой императорского режима, чем с политикой Временного правительства. На тот момент вопрос о реализации ленинской национальной политики не стоял.