Вскоре надежды на всемирную революцию рухнули. Новых победоносных революций не произошло. По условиям Брестского мирного договора немцы и их союзники заняли Прибалтику, Украину, Северное Причерноморье. Под предлогом защиты доставленных ранее военных запасов от Германии в Мурманске и Архангельске высадились вооруженные силы Антанты, на Дальнем Востоке появились японские и американские войска. В 1918 г. началась Гражданская война. Для защиты революции нужна была сильная армия. Руководство Советской России дало указание о формировании 28 авиагрупп – по два отряда из 6 самолетов в каждом. Эвакуированных с фронта 230 самолетов и обнаруженных на авиаскладах запасов (в мае 1918 г. там находилось 656 боевых самолетов и 1633 мотора) для этого вполне хватало, но нужно было пополнять потери, обеспечивать работу авиашкол, поэтому самолетов требовалось больше. Тогда вспомнили о простаивающих авиазаводах. Уже в 1918 г. Красная Армия рассчитывала получить 1400 новых самолетов и 900 авиамоторов. На самом деле в1919 г. в Советской России было собрано 137 самолетов и 77 моторов, в 1920-м – соответственно 166 и 81.
Для руководства авиаиндустрией в ноябре 1918 г. создали Главное управление объединенных авиапромышленных заводов (Главкоавиа). В задачи этой организации входила разработка производственных программ и контроль за их выполнением, наблюдение за расходованием денежных средств, снабжение предприятий топливом и материалами. Из госбюджета на нужды военно-воздушного флота выделили около 50 млн. руб., что с учетом инфляции примерно в пять раз меньше, чем в 1917 г.
В то время авиационная промышленность России была сконцентрирована в трех регионах – северном (заводы Петрограда), центральном (Москва) и южном (северное побережье Черного моря). Самолетостроение северной группы к началу 1918 г. было представлено заводами Щетинина («Гамаюн»), Лебедева, Слюсаренко и Русско-балтийским авиационным заводом («Авиа-Балт»). Каждый имел свою специализацию: Щетинин работал на флот, выпуская летающие лодки конструкции Григоровича, предприятие Лебедева строило в основном копии немецких разведчиков, на «Авиа-Балте» изготавливали многомоторные машины «Илья Муромец», а маломощному производству Слюсаренко заказывали простейшие типы самолетов для авиашкол. Работа этих заводов в годы Гражданской войны сопровождалась периодическими указаниями об их закрытии и эвакуации. 21 августа 1919 г. глава Совета рабоче-крестьянской обороны по снабжению Красной армии и флота А. И. Рыков дал указание «ликвидировать петроградские авиазаводы, освободившихся квалифицированных рабочих использовать на московских заводах; образовать один завод на Комендантском аэродроме для ремонтных нужд авиации Северного фронта». Наступление белой армии отбили. Приказ о ликвидации авиазаводов отменили, но к этому времени большую часть оборудования и заготовок для самолетов уже вывезли из города, и они затерялись на пространстве, охваченном хаосом Гражданской войны.
«Большой вред нанесла утрата элиты петроградской авиапромышленности. В. А. Лебедев успел бежать на Юг России, И. И. Сикорский эмигрировал за границу, директора «Ави-а-Балта» В. И. Ярковского в дни «красного террора» казнили за «саботаж», во время попытки бежать в Финляндию погиб основатель «Эскадры воздушных кораблей» М. В. Шидловский. Повсеместно увольняли инженеров «буржуазного происхождения». Многих квалифицированных рабочих мобилизовали на службу в Красную армию. В сентябре 1919 г. в авиапромышленности Петрограда работало всего 670 человек. Общее руководство одно время осуществляло Правление петроградских авиационных заводов, а с апреля 1919 г., после национализации предприятий Петрограда, Главкоавиа».
Не меньшие потери произошли среди выдающиеся деятелей авиации, добровольно вступивших в Красную Армию. Примером тому является Смушкевич Яков Владимирович (1902–1941), генерал-лейтенант авиации (1940), дважды Герой Советского Союза (1937, 1939), который уже в 1922 г. занимал командирские должности в авиационных соединениях. Подробности ареста Смушкевича будут приведены позже.