Н.Н. Щепкин, как и большинство лидеров московских кадетов (Н.М. Кишкин, А.И. Астров, Н.В. Тесленко, А.А. Кизеветтер), был сторонником левого крыла партии: он поддержал Выборгское воззвание, выступал за сближение с умеренными социалистами и был противником соглашения с октябристами. После избрания в Государственную думу он имел возможность гораздо чаще присутствовать на заседаниях ЦК и стал играть еще большую роль в партии. Он, в частности, был автором муниципальной программы партии кадетов.
Учреждение Конституционно-демократической партии совпало с октябрьскими событиями в Москве. В городе началась забастовка, в которой приняли участие и городские рабочие, прекратившие работу водопровода. Царская администрация была в растерянности и не могла адекватно реагировать на происходившие события. Московская дума также была в тяжелом положении: городской голова князь В.М. Голицын, явно не справлявшийся с возникавшими задачами, подал в отставку. Революционные партии требовали от думы самороспуска и передачи им средств из городской казны. Забастовавшие городские служащие с помощью физического насилия снимали с работы тех, кто не поддерживал забастовку.
В эти дни дума заседала практически ежедневно, и братьи А.И. и Н.И. Гучковы, Н.Н. Щепкин, М.Я. Герценштейн и С.А. Муромцев почти не покидали ее. В своем выступлении на заседании городской думы и октября 1905 года Н.Н. Щепкин заявил, что «мы должны сказать правительству, что не ручаемся за спокойствие наших учреждений», пока не будет исполнена кадетская программа и, в частности, реализовано право на восьмичасовой рабочий день. При активном участии Щепкина дума приняла решение о повышении зарплат рабочим, признала существование корпорации городских рабочих, обязалась оплачивать больничный сбор и поддержала многие политические требования забастовщиков.
В ходе этих дискуссий окончательно определяются серьезнейшие политические разногласия между Н.Н. Щепкиным и другими лидерами московских кадетов с одной стороны и октябристами братьями Гучковыми – с другой. Главным пунктом разногласий был вопрос об осуждении забастовки. Если Щепкин рассматривал забастовку как средство, с помощью которого можно заставить самодержавие идти по пути реформ, то А.И. Гучков считал необходимым осудить забастовку и оказывать содействие администрации в наведении порядка в городе.
Большинство Московской думы постепенно склонилось в сторону братьев Гучковых. В ноябре 1905 года при выдвижении кандидатов в городские головы Н.И. Гучков получает 80 голосов, а Н.Н. Щепкин – лишь 19. Н.И. Гучков утверждается московским городским головой, а Н.Н. Щепкин становится лидером либерального меньшинства Московской думы. На одном из частных собраний гласных Н.Н. Щепкин бросает братьям Гучковым упрек, что они стали «прислужниками власти». Дружеские отношения, ранее связывавшие Щепкина с Гучковыми, окончательно рвутся.
В течение всего периода 1905–1916 годов в Москве шла настоящая политическая война на уничтожение между московскими кадетами, ведомыми Н.Н. Щепкиным и Н.М. Кишкиным, и московским «Союзом 17 октября», лидерами которого были А.И. и Н.И. Гучковы.
Выборы в I и II Государственную думу по Москве кадеты уверенно выигрывают; октябристы с треском проваливаются. Однако А.И. Гучкову удается совершить переворот в Московском губернском земском собрании и свалить председателя губернской земской управы, несмотря на энергичное сопротивление кадетов. А на выборах в III Государственную думу по первой курии (в которой состояли в основном домовладельцы) в феврале 1907 года Н.Н. Щепкин и князь Пав. Д. Долгоруков во втором туре голосования проигрывают А.И. Гучкову и Ф.Н. Плевако с небольшим разрывом.
Московская городская дума была еще одним театром боевых действий. Особенно ярко это проявилось в думской дискуссии о забастовке 1907 года. Н.И. Гучков уволил всех отказавшихся выйти на работу участников забастовки. При обсуждении этого вопроса Щепкин заявил, что «не следует вводить в обычай массовые увольнения рабочих; нужно разобраться, кого увольнять, кого нет», и предложил управе пересмотреть свое решение об увольнении рабочих. На заседании думы 6 марта Н.Н. Щепкин заявил: «Рабочие уволены, принимаются новые, и эта операция для возобновления движения потребует два с половиной месяца. Управа говорит, что она идет своим путем, а нам надо, чтобы движение было скорее восстановлено». Один из лидеров кадетов в Московской думе – П.А. Столповский предложил проголосовать такую формулировку: «Выразить сожаление, что Управа не использовала имеющихся средств к тому, чтобы предупредить забастовку; что ею были приняты такие меры, которые дали забастовке распространиться…» Это предложение вывело из себя Н.И. Гучкова, и он предложил думе выразить «вотум доверия» управе, которое и получил.