Всемогуществу и процветанию Степана Даниловича был положен конец доносами на него представителей казачьих «верхов». Игнорирование им вызовов в Петербург для объяснения сложившейся ситуации повлекло за собой решение верховной власти о проверке деятельности атамана. В результате в конце 1772 года Ефремов был арестован и доставлен в Петербург закованным в кандалы. На него пало подозрение в «сепаратизме», булавинщине, стремлении к автономии Войска Донского. В 1773 году следственная комиссия вынесла Ефремову смертный приговор (казнь через повешение). Екатерина II сочла наказание чрезмерным и заменила его ссылкой «на вечное жительство» в город Пернов (ныне – эстонский Пярну). Однако в 1774 году императрица повелела «все следствия по делу Ефремова оставить и уничтожить, казаков, содержащихся по сим делам под стражею, выпустить и простить». Степана Ефремова возвратили в столицу, где он и оставался до конца своих дней, не воспользовавшись предоставленной возможностью вернуться в родные края, а после смерти был похоронен в Александро-Невской лавре.
История взлета и падения донского атамана С.Д. Ефремова, пользовавшегося, несмотря на все «зигзаги» своего поведения, симпатиями и поддержкой в массах донского казачества, свидетельствовала о неизменной тяге донцов к сохранению – наперекор указаниям столичного чиновничества – своего особого быта, самоуправления. А потому духу казачества вполне соответствовала земская реформа в Области Войска Донского (1875). Характерно, что все семь лет существования земств на Дону председателем областного земского собрания (в 1876–1881 годах – одновременно и предводителем дворянства Области Войска Донского) был внук атамана Степана Даниловича Николай Николаевич Ефремов. В свою очередь, сын последнего, Иван Николаевич, отстаивал права и свободы россиян, в том числе интересы земляков, в начале XX века, в пору начавшейся трансформации самодержавия в конституционную монархию.
По окончании в 1885 году с золотой медалью Новочеркасской классической гимназии Иван Ефремов поступил на физико-математический факультет Московского университета. Его способности и трудолюбие были отмечены такими крупными учеными, как Ф.А. Бредихин и П.К. Штернберг (под руководством последнего Ефремов работал в Астрономической обсерватории). Тем не менее успешный студент отказался от сдачи выпускных экзаменов и получения диплома, поскольку не собирался поступать на государственную службу. Вернувшись на Дон в 1891 году, он не ограничился хозяйственной деятельностью во владениях отца – практические проявления его общественного темперамента были разнообразны.
Ефремов, например, стал инициатором учреждения ряда сельскохозяйственных обществ, причем некоторые из них избрали его своим председателем. Характерно, что это были объединения, членами которых являлись как крупные землевладельцы, так и разделявшие с ними совместные заботы средние и мелкие хозяева – крестьяне, казаки. Одной из главных целей обществ было внедрение и распространение на Дону передовой сельскохозяйственной культуры. Так, например, по предложению Ефремова в феврале 1893 года в повестку дня деятельности Донского общества сельского хозяйства был поставлен вопрос об устройстве при этой организации на частные пожертвования опытного поля. Реализацией этой идеи Ефремов занялся совместно с известным агрономом И.Д. Колесниковым: первые же успехи предприятия были отмечены наградами на всероссийских сельскохозяйственных выставках (бронзовой медалью на выставке 1895 года в Москве, дипломом 2-й степени на выставке 1896 года в Нижнем Новгороде). Петербургские чиновники и «правительственный агроном» П.М. Дубровский, посетившие Донское опытное поле в 1896 году, высказали удивление, что Донскому обществу «со столь малыми средствами удалось учредить такое солидное для края предприятие…».
С 1896 года, в целях развития «опытного поля», Донское общество сельского хозяйства получало ежегодные субсидии от Министерства земледелия и государственных имуществ, с 1897-го – из войсковых средств. В июне 1900 года опытное поле посетил военный министр А.Н. Куропаткин (с 1899-го – почетный член Общества), который также «остался очень доволен достигнутыми там результатами» и пожелал казакам «вести дело так, как ведется оно на опытном поле», поскольку «достаточно было бы казаку получить треть урожая против того, что получается на опытном поле (урожай ржи до 180 пудов с десятины), чтобы всюду на Дону было довольство». И.Н. Ефремов стал также инициатором создания на Дону Союза мирного разрешения аграрного вопроса.