Ее собственная тюремная эпопея 1917 года продолжалась еще десять дней: власть требовала вернуть «министерские деньги». Союз учителей открыл подписку: первый рубль был пожертвован рабочим. Выручили Высшие женские курсы, предоставившие часть суммы. Забирал Панину из тюрьмы профессор И.М. Гревс. При этом разыгралась сценка, в которой проявился весь характер этой женщины. Не рассчитывая на столь скорое освобождение, она, еще сидя в тюрьме, получила разрешение устроить для заключенных и персонала рождественские чтения с волшебным фонарем. Все очень расстроились: чтений не будет, раз Панина выходит на свободу. Заметив это, она обратилась к администрации: «Если разрешите, я с удовольствием приду в день Рождества и устрою обещанные чтения». Комиссар тюрьмы поцеловал ей руку. Панина приходила два раза и с успехом провела чтения. Более того, 19 декабря, выйдя на свободу, она уже через день явилась в Петропавловскую крепость навестить «врага народа» А.И. Шингарева, единомышленника по Партии народной свободы.
Но вновь обретенная свобода была формальной: вернуться в Народный дом оказалось уже невозможно. «Я бы дорого дала за то, – писала Панина в 1948-м, – чтобы никогда с этой окраиной не расставаться, но, освободив меня из тюрьмы в 1917 году, мой город смог мне предложить только трудную и долгую жизнь без него, вдали от него… очевидно, навсегда».
Кончился 1917 год, начался 1918-й. По всей стране полыхнула Гражданская война. Панина перебралась в Финляндию. Говорили, что до границы ее сопровождала «почетная охрана» из рабочих, бывших воспитанников Народного дома. А из Финляндии, через Англию, она устремилась на юг, где сражались белые армии. Ехала в крестьянской одежде, с маленьким, потрепанным, грошовым чемоданчиком, в котором лежали бриллианты и другие драгоценности ее предков. Панина рассчитывала часть своих ценностей передать А.И. Деникину на нужды белой армии. В пути, на какой-то станции, среди тифозных больных, уложенных рядами в зале ожидания, она увидела одного из своих знакомых и политических друзей, И. Иваницкого, и попыталась устроить его в один из вагонов. В суете и спешке забыла на минутку о поставленном куда-то чемоданчике. Искать его было бессмысленно: только бы унести ноги подальше и от станции, и от чемоданчика. Так, «с пустыми руками, явилась на Юг».
В годы Гражданской войны вместе с Н.И. Астровым они были, пожалуй, наиболее близкими для Деникина людьми. Панина представляла «Национальный центр», всемерно поддерживала Белую армию. Но как общественная деятельница, для которой важнее всего духовные и культурные ценности, она чувствовала себя в годы Мировой и Гражданской войн совершенно выбитой из колеи. В письме Астрову от 21 февраля 1919 года это вылилось в настоящую отповедь войне, следствием которой, считала Панина, явились и большевизм, и одичание масс. По ее мнению, если бы война закончилась в течение полугода, то она действительно могла бы привести к торжеству гуманных и справедливых начал, а за четыре года бойни люди озверели, общий культурный уровень народов понизился. Совсем неважны частные и личные трудности и неудачи – они не могут подорвать силы духа. Но когда не видно нигде кругом той почвы, тех высоких качеств духа, которыми должна светиться жизнь (а под «нигде» она подразумевала и Европу, и Америку), становится трудно, ибо длительность работы, безмерная длительность так ясна, что «в душу закрадывается безнадежность сизифовой задачи». «Да, – признавала Панина, – я, несомненно, в „обличительном“ настроении и ничего лестного о человечестве не склонна думать и говорить в настоящее время. Не знаю, что хуже: безнадежная ли ограниченность умственных горизонтов или черствая сухость сердца… Скудость в умах и сердцах – вот удел людей, которые могли бы быть… „подобны богам“». Но и в эти годы случались маленькие, но жизнеутверждающие радости. Еще в Финляндии Софью Владимировну чудом нашла крестьянка из Марфина. В узелке она принесла несколько художественных вещей, спасенных из уже разоряемой усадьбы, в том числе несколько портретных миниатюр предков графини.