Колюбакин разъяснял и отстаивал в ходе командировок программу и тактику кадетов, считал необходимым оказывать содействие профессиональным союзам, опираясь на них в деле агитации, создавать агитаторские курсы в губерниях, формировать клубы (партийные и беспартийные), а также другие общества (например, мелкого кредита), расширяя таким образом ареал партийного влияния в массах. По решению IV съезда партии (24–28 сентября 1906 года) Колюбакин был назначен ответственным за пропаганду в Северо-Восточном округе, включавшем все северные губернии, Уральский край, Среднее и Нижнее Поволжье. Он сумел наладить действенную организационную и агитационную работу, постоянно объезжая свой округ. В марте 1907 года он вошел в исполнительную комиссию ЦК по руководству внепарламентской деятельностью.
Между тем политическая ситуация в стране менялась, сокращалось поле возможностей для партийной деятельности кадетов в стране. Колюбакину пришлось сосредоточиться на работе в партийных центрах. По своему характеру он принадлежал к типу людей «решительного действия»; цельный, увлеченный идеей, он отдавался борьбе без остатка. Главным в парламентской деятельности партии он считал твердое и неуклонное представительство народных интересов. Партия, называющая себя демократической, должна, считал он, подчиниться воле народа. Еще на III съезде кадетов (21–25 апреля 1906 года), состоявшемся накануне открытия I Государственной думы, он ставил перед депутатами-партийцами задачу: «Никаких компромиссов, никакой уступчивости в предъявлении народных требований»; «ни перед чем не отступая, не колеблясь перед конфликтами, которые обдумывает теперь правительство».
В весьма сложных условиях третьеиюньской политической системы, когда интерес к партийной работе зримо угасал, когда наметился явный перекос в сторону парламентских форм деятельности, А.М. Колюбакин упрямо продолжал кропотливую работу по организационному строительству партии. Он был противником сосредоточения кадетов на работе в Думе, заявлял, что партия не должна находиться в подчиненном положении перед парламентской фракцией. Поэтому право участия в общепартийных съездах может принадлежать только делегатам из местных групп, или по крайней мере их число должно превышать число членов Думы – делегатов съезда.
А.М. Колюбакин пытался реализовать идею проведения областных съездов в связи с трудностями созыва V съезда партии. Он присутствовал на съезде представителей комитетов 13 губерний Московского региона (весна 1907 года), подготовил съезд восьми северных и северо-восточных губерний, который, однако, пришлось отложить из-за роспуска II Думы. Колюбакин составил программу областных съездов, утвержденную ЦК в июле 1907 года. По этой программе летом 1907 года состоялись два областных съезда, в том числе один – в Казани (при участии Колюбакина), на который съехались представители казанской, нижегородской, уфимской, пермской и вятской партийных групп. Он использовал свои поездки по уездам и для ознакомления с настроениями в стране в целях выработки тактического курса партии, поскольку считал метод «письменных сношений» неэффективным.
Александр Михайлович постоянно призывал членов ЦК к упрочению и расширению связей с местными партийными организациями. Он полагал, что в период «затяжной реакции» подспудно идет медленный, но неуклонный процесс формирования общественных организаций, и партия должна обратить преимущественное внимание на оказание содействия их развитию. В частности, его тревожила слабость позиций кадетов в крестьянской среде. Причину этого он видел в недостаточном культурном уровне крестьян и поэтому указывал на необходимость всемерного развития народного образования – через Государственную думу, земства, а также различные общества. Политическое воспитание масс «путем законодательной работы» должно было, по его мысли, создать армию приверженцев, готовую и способную к действию. Поскольку, по его наблюдениям, интерес к политической жизни, к деятельности Думы и кадетской фракции неуклонно снижался как в партийных кругах, так и по всей стране, он настаивал на поиске новых путей и способов воздействия на массы, которые помогли бы им быстрее преодолеть «период усталости».
После роспуска II Думы Колюбакин со всем свойственным ему энтузиазмом включился в избирательную кампанию по выборам в III Думу, с большим успехом выступал на собраниях избирателей. В конце лета 1907 года он ездил в Нижний Новгород, контролируя ход подготовки к выборам. В состав III Думы он вошел как депутат от Санкт-Петербурга. Так начался новый этап его деятельности – парламентский. Хотя он не возлагал особых надежд на возможность изменить положение в стране при помощи законодательной думской деятельности, однако рассчитывал служить в Думе выразителем народных чаяний.