Четвериков сблизился также с лидерами «Союза 17 октября», созданного осенью 1905 года под главенством выходца из московского купечества А.И. Гучкова. Сергей Иванович был приглашен в состав Московского центрального комитета партии октябристов и возглавил в ней левое крыло. Однако осенью 1906 года, после того как Гучков одобрил введение военно-полевых судов (после августовского покушения эсеров-максималистов на Столыпина), Четвериков покинул «Союз» – в знак протеста. И вошел в Партию мирного обновления во главе с графом П.А. Гейденом: она была только что образована и выступала против любого террора – как революционного, так и правительственного. Фабрикант стал членом ЦК партии, отделение которой в Москве возглавлял его старый соратник по земству Д.Н. Шипов. Сергей Иванович в дальнейшем активно сотрудничал в органе мирнообновленцев – издававшемся Е.Н. Трубецким «Московском еженедельнике», регулярно публикуя статьи по текущим вопросам жизни страны. В своей публицистике он требовал от государства «доверия к обществу», выступал против интеллигентской велеречивости и призывал: «Больше дела, меньше слов».
В 1906–1907 годах С.И. Четвериков возглавлял комиссию по организации Союза фабрикантов и заводчиков; в его уставе предусматривалось, с одной стороны, образование кассы взаимной поддержки предпринимателей в случае необоснованных забастовок, а с другой – создание подобной же кассы для рабочих, уволенных со своих предприятий. В итоге власти Устав не утвердили, а его автор за излишние симпатии к рабочим оказался под негласным надзором полиции…
В 1908 году С.И. Четвериков опубликовал брошюру «Община и собственность», в целом поддержав аграрную реформу П.А. Столыпина. Однако премьер-министр был подвергнут суровой критике за склонность к административным, насильственным методам преобразований. Московский фабрикант, выходец из посадских мужиков, протестовал против бездумного разрушения крестьянской общины – этого «духовного достижения народа». Он одобрял меры по ликвидации чересполосицы, но просил оставить мужику право выбора в организации своего хозяйства: не выгонять его насильно на хутор, не лишать возможности остаться «в миру», среди односельчан. Таким образом, по его мнению, можно было создать в деревне «собственность», не разрушая «общину».
Неприятие административного произвола руководило Четвериковым и в деле с «письмом 66-ти». В начале 1911 года он собственноручно составил текст и вместе с А.И. Коноваловым стал инициатором публикации открытого письма против репрессивной политики правительства по отношению к студентам и преподавателям Московского университета. Деловые круги демонстративно отказали правительству в поддержке, и эта акция вызвала в русском обществе значительный резонанс.
В письме к Н.И. Астрову, написанном уже в эмиграции в 1926 году, Сергей Иванович подытожил свою политическую деятельность предреволюционного периода: «Я никогда не чуждался общественных невзгод и, если Вы помните, в период 1905 года стоял в первых рядах активно-прогрессивных промышленников. Телеграмма царю после расстрела 9 января была послана по моей инициативе и в моей редакции, равно протест против гонения на прогрессивную профессуру, под которым стараниями А.И. Коновалова и моими было собрано 66 подписей видных лиц Московского купеческого общества, был обнародован в моей редакции. Я был председателем и той многочисленной (52 члена) комиссии, которая была учреждена для создания союза фабрикантов в борьбе с той волной забастовок, которая охватила русскую промышленность после 1905 года».
Закономерная фаза политической эволюции Четверикова – переход в созданную в 1912 году партию прогрессистов во главе с П.П. Рябушинским. Девизом нового политического объединения стал призыв к «упрочению в России конституционного строя». Сергей Иванович был избран членом Центрального комитета партии, в рамках которой консолидировались либерально-оппозиционные предпринимательские элементы, стоявшие на позициях между кадетами и октябристами. Хотя возраст и занятость ограничивали политическую активность фабриканта, он продолжал оставаться одной из «знаковых», как бы мы сейчас сказали, фигур отечественного делового мира.
Недаром летом 1915 года его персона всерьез обсуждалась в качестве кандидатуры на замещение вакантного поста министра торговли и промышленности. Стать министром ему было не суждено (сказалась, видимо, репутация либерального деятеля). Но в годы Первой мировой войны он много сделал на столь же ответственном, хотя и неофициальном посту главы Комитета помощи раненым воинам, потерявшим трудоспособность. Благодаря энергии и настойчивости своего председателя Комитет собрал и передал увечным воинам около 1,3 млн рублей. При этом Четвериковым двигало отнюдь не желание получить награду на ниве благотворительности, чем грешили некоторые «филантропы». В своих мемуарах он подчеркивал, что принципиально «отклонял всякие отличия и награды», которые ему предлагала власть.