На сентябрьском земско-городском съезде 1905 года Кокошкин по поручению Оргбюро выступил с основным докладом «О правах национальностей и децентрализации». Он был твердым сторонником того, что общественная демократизация должна предшествовать государственной децентрализации. Именно поэтому он до поры отстаивал принцип унитарного устройства Российского государства, решительно высказываясь против леворадикальных требований скорейшего политического самоопределения наций и федерализации, что, по его мнению, открывало прямой путь к распаду государства и анархии. Вопросы о пределах и формах автономии и в особенности о границах автономных областей следовало разрешать лишь после «установления прав гражданской свободы и правильного народного представительства с конституционными правами для всей империи». Преждевременная постановка вопроса о предоставлении автономии отдельным областям грозила, как предостерегал Кокошкин, «серьезной опасностью самому делу политической и гражданской свободы в нашем обществе». Но и после политического освобождения страны автономия должна вводиться постепенно, по мере «выяснения потребностей в ней местного населения и естественных границ автономных областей», путем издания особых имперских указов. Общегосударственный закон должен был определить как пределы автономии, так и разграничительные функции между общеимперским и местным законодательным собраниями, причем принятые местными представительными органами законы получали юридическую силу только в случае утверждения их центральной властью. По существу, речь шла о распространении на автономную область прав местного самоуправления (автономия – «высшая ступень развития местного самоуправления»). Исключение из общего правила, с точки зрения Кокошкина, представляла только Польша; предполагалось, что она будет выделена «в особую автономную единицу с сеймом, избираемым на основании всеобщего, прямого, равного и тайного голосования, при условии сохранения государственного единства империи». Основные положения доклада стали основой разрабатываемой в то время программы Конституционно-демократической партии. Кокошкина можно считать автором национального раздела программы.
Кокошкин являлся одним из основателей и лидеров партии кадетов, бессменным членом ее ЦК, а также членом Московского городского и губернского комитетов. На протяжении двенадцати лет существования партии он участвовал в разработке основополагающих партийных документов, законодательных проектов и предложений, избирательных платформ. ЦК поручал Кокошкину подготовку наиболее важных и ответственных докладов и выступлений на партийных форумах, особенно в тех случаях, когда предстояло корректировать ее программу и круто менять тактический курс.
В октябре 1905 года Кокошкин вместе с Ф. А. Головиным и князем Г. Е. Львовым был делегирован для участия в переговорах с премьер-министром С. Ю. Витте о формировании нового правительственного кабинета. В этих переговорах Кокошкину принадлежала ключевая роль. Условием поддержки правительства со стороны либеральной оппозиции он выставил следующие требования: 1) реализовать в полном объеме положения Манифеста 17 октября 1905 года; 2) созвать Учредительное собрание на основе всеобщего, равного, прямого и тайного избирательного права для выработки конституции; 3) дать политическую амнистию. Отказ Витте удовлетворить требования кадетской делегации привел к срыву переговоров.
Принципиально важное значение имело выступление Кокошкина на II съезде кадетской партии 6 января 1906 года, в котором он обосновал необходимость участия кадетов в выборах в Государственную думу по закону 11 декабря 1905 года и сформулировал основные задачи ее деятельности в Думе. 10 января он изложил свои доводы в пользу изменения тринадцатого параграфа программы партии о форме государственного устройства. Кокошкин предложил отказаться в данной политической ситуации от требования республики, ибо это потребует «потоков крови». Большинство делегатов поддержали предложенную им формулировку: «Россия должна быть конституционной и парламентской монархией».
После II съезда, взявшего курс на подготовку выборов в Думу, Кокошкин не только принял непосредственное участие в избирательной кампании, но и показал себя прекрасным пропагандистом, подлинным мастером полемики с политическими противниками, в том числе и с непосредственными конкурентами – «Союзом 17 октября». По поручению ЦК в феврале 1906 года он подготовил блестящую полемическую брошюру «Конституционная партия перед судом Союза 17 октября», материалы которой оперативно публиковались в «Русских ведомостях». 8–9 апреля 1906 года на заседании ЦК был заслушан и одобрен проект избирательного закона, подготовленный Кокошкиным совместно с С. А. Муромцевым и А. Н. Максимовым. На этом же заседании ЦК поручил Кокошкину совместно с Ф. И. Родичевым и В. Д. Набоковым подготовить проект закона о правах национальностей.