В сражениях с турецким флотом Ушаков выработал новую маневренную тактику, принципиально отличавшуюся от принятой в то время линейной тактики. Основными положениями тактики Ушакова стали применение единых походно-боевых порядков (в результате эскадра не тратила время на перестроение и могла сразу после обнаружения противника вступать в бой), быстрое сближение с противником на короткую дистанцию без перестроения боевого порядка. «Особое» внимание уделялось флагманским кораблям противника (с целью их повреждения, уничтожения или захвата, а также нарушения управления вражеской эскадрой), выделение резерва, сочетание прицельного артиллерийского огня и маневра, преследование противника до полного уничтожения или сдачи в плен.
В 1793 г. Ушаков был произведен в вице-адмиралы. Талант Ушакова как крупного флотоводца наиболее ярко проявился во время Средиземноморского похода русской Черноморской эскадры 1798—1799 гг. 18 февраля (1 марта) 1799 г. эскадра Ушакова артиллерийским огнем уничтожила все батареи на острове Видо, где находились передовые укрепления французской крепости Корфу, и высадила десант. Одновременно был высажен десант на самом острове Корфу, которому удалось захватить некоторые укрепления крепости. 19 февраля (2 марта) 1799 г. комендант крепости был вынужден подписать акт о капитуляции. Впервые в истории крепость была взята с моря кораблями без применения больших соединений сухопутных войск.
На освобожденных Ионических островах Ушаков создал «Республику семи островов», все коренное население которой, имевшее определенный имущественный ценз, участвовало в местных органах управления, выбирало Большой совет и т.д.
22 апреля отряд посланных Ушаковым кораблей появился у берегов Италии. Увидев их на горизонте, французский гарнизон крепости Бриндизи в панике бежал. Вскоре был высажен десант во главе с командиром фрегата «Счастливый» капитаном 2‑го ранга Белли. Он начал свой победоносный поход к Неаполю. Позже русские моряки вошли в Рим. Флот Ушакова действовал также на Лигурийском и Адриатическом морях. Однако в это время ухудшились отношения Ушакова с австрийским двором. 31 декабря 1799 г. (11 января 1800 г.) Ушаков получил приказ императора Павла I вернуться на родину. В октябре 1800 г. эскадра Ушакова приплыла в Севастополь.