После возвращения на родину Кутузов был назначен в войска, находившиеся в Крыму. Там же проходил службу и А.В. Суворов. В 1787 г. началась новая война с Турцией. Кутузов со своим Бугским корпусом прикрывал границы России по Бугу, затем его войска были включены в состав действующей Екатеринославской армии. В атаке при осаде Очакова в 1788 г. Кутузова тяжело ранило. Пуля пробила голову почти в том же месте, что и при первом ранении. Врачи посчитали рану смертельной, тем не менее Кутузов выжил и начал поправляться, хотя его правый глаз практически перестал видеть.
Во время штурма Измаила Кутузов командовал шестой колонной, действовавшей на левом фланге. Он повел свои войска к Килийским воротам крепости, где турки прочно удерживали позиции. В самый трудный момент Кутузов, собрав гренадер Херсонского полка и егерей Бугского корпуса, повел их в атаку, в результате чего им удалось ворваться в крепость.
Кутузова назначили комендантом Измаила и начальником войск, расположенных между Днестром и Прутом.
С 1793 г. в жизни Кутузова начался новый этап: он стал исполнять обязанности дипломата – Чрезвычайного и Полномочного Посла России в Константинополе – и показал на этой должности большой талант. В 1794 г. его назначили директором Сухопутного кадетского корпуса. Одновременно Кутузов исполнял должность командующего сухопутными войсками в Финляндии.
В начале правления Александра I Кутузов, как и многие суворовцы, находился не у дел. В 1805 г. над Россией впервые нависла опасность вторжения войск французского императора Наполеона I. Отсутствовал командующий, и император был вынужден обратиться к Кутузову с просьбой возглавить войска.
Дальнейшая деятельность Кутузова хорошо известна – поход на соединение с австрийской армией, отход на левый берег Дуная, разгром передового французского корпуса, сражение под Аустерлицем, где Кутузов являлся лишь номинальным главнокомандующим, отставка с поста главнокомандующего. С 1808 г. Кутузов находился в Молдавской армии. Шла очередная Русско-турецкая война 1806—1812 гг. В 1811 г. Александр I назначил командующим Молдавской армией М.И. Кутузова. Результатом действий нового главнокомандующего было пленение турецкой армии под Рущуком. Русско-турецкую войну завершил мирный договор, заключенный Кутузовым в Бухаресте 16 мая 1812 г. в обстановке ожидавшегося нападения на Россию войск Наполеона. По договору, к России отходила Бессарабия.