Вероломство русского воеводы до сих пор обсуждается. Скрынников пытался оправдать Чулкова: «Едва ли можно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Скорее всего, события развивались под влиянием стихийных сил. Казаки не простили Караче вероломного убийства Ивана Кольца и других своих соратников. Они бросились на Карачу и связали его вместе с ханом. Ханская свита была перебита». С этим согласиться трудно. Если казаки напали на гостей из-за ненависти к Караче, то убить должны были именно его. Карамзин в свое время привел две версии: одну — где Чулков «в бою» взял в плен Сейдяка, и другую, по его словам, «менее вероятную» — предание, славящее «не мужество, а хитрость воеводы Чулкова, весьма не достохвальную».
После пленения Сейдяка русские продолжили устройство острожков. В 1589 г. был построен Лозьвинский острог, в 1593 —1594 гг. — Пелым, Березов и Сургут, закрепившие за Россией таежные массивы к северу от Тобольска; в 1594 г. — городок Тары, прикрывший Тобольск с юга. В 1590-х гг. наиболее населенные земли Западной Сибири уже находились под властью русских воевод. Часть татар платила ясак, другие — служилые татары— несли охранную службу вместе с казаками. Появились русские поселенцы. Русские крестьяне принесли новые приемы земледелия, татары их перенимали и передавали свои навыки. Складывалось многонациональное сибирское общество.
Между тем Кучум продолжал борьбу Он избрал тактику набегов, нападая на татар, подчинившихся российской власти. Кучуму не раз наносили поражения (1591,1595), но каждый раз он уходил.
На предложения признать власть царя и служить ему, Кучум отвечал, что он «вольный человек» и вольным умрет. 30 августа 1598 г. в битве на реке Ирмень при впадении в Обь рать воеводы Андрея Воейкова «из трех сыновей боярских, татарского головы Черкаса Александрова, трех атаманов и 400 без трех литвы, казаков и татар», наголову разбила полутысячное войско Кучума. Погибли брат и два внука Кучума, 6 князей, и 15 мурз, и 300 «чёрных» людей; в плен взяли 5 сыновей «салтана», 8 жен, 8 дочерей, 2 снохи. Кучум, с сыном Алеем, спасся в лодке.
Семью Кучума доставили в Москву. Годунов приказал устроить им торжественный въезд. Всех нарядили в роскошные одежды. Старшему из сыновей — Асманаку — выдали два кызылбашских (персидских) кафтана — один легкий, крытый камкой, другой теплый, на лисьем меху; ферезь[173] — «сукно багрец червчат, на корсаках[174], завязки шолк зелен с золотом»; рубашку; шапку из лисы-чернобурки и желтые сафьяновые сапоги. Женщинам подарили шубы. На «царице» Сюйдеджан была шуба, крытая белой камкой, «на пупках на собольих, опушена атласом золотым, круг ее кружево и по швам шолк червчат да чернь с золотом, пуговицы серебряные». Въезд состоялся 17 января 1599 г. Впереди, по двое, ехали верхами русские воины, кто отличился в битве. Семейство Кучума везли в расписных санях; запряженных лошадей вели за поводья проводники в собольих шубах. «Царевен» и «царевичей» сопровождала свита из 50 человек.
Кучум к тому времени почти ослеп и оглох, но сдаваться не собирался: «Не поехал, деи я к государю и по государево грамоте своею волею, в свою пору я был совсем цел, а за саблею мне теперь ехать к государю не по что, а нынеча деи я стал глух, и слеп, и безо всякого живота». С немногими слугами он кружил по степи, приворовывая скот у калмыков и ногайцев, чтобы прокормиться, и был гоним, пока в 1601 г. ногайцы его не убили. С гибелью Кучума Алей объявил себя ханом. Но его действия были неудачными. В 1616 г. Алея взяли в плен и отправили в Москву, где пожаловали поместьем, оставив титул царевича сибирского. Ханом объявил себя другой сын Кучума — Ишим, а затем его сын — Аблай (1628). Всю первую половину XVII в. небольшие отряды воинов «царевичей» нападали на русские слободы, уводили скот, убивали крестьян. Уколы мелкие, но болезненные.
Были и крупные выступления под руководством кучумовичей — в 1648 г. и особенно в 1662—1664 гг., когда поднялись башкиры во главе с правнуком Кучума, Кучуком. Восстание башкир подавили, причем не, как сейчас пишут, «с особенной жестокостью», а, напротив, с умеренностью и великодушием. Когда зачинщиков бунта поймали, их пожурили и отпустили. Сочетание силы и терпимости делало сторонниками России не только знать, но простых татар. Не в «царевичах», а в русском царе видели татары защиту от степных хищников. В челобитной, отправленной в Москву, они жаловались государю на набеги калмыков и уверяли в преданности: «Они-де, твои государевы ясачные татарове... за тебя, государя, готовы головы свои положите, а нежели им бите с женами своими и с детьми в неволе у калмыцких людей».