В 1560 — 1570-х гг. был создан грандиозный рубеж, протянувшийся на 600 км от Козельска до Рязани. Его называли Засечная черта, Черта или Государева заповедь. Для обустройства и поддержания засек ввели специальный налог — засецкие деньги, был принят закон об охране засечных лесов. В 1566 г. Черту посетил Иван IV. Создание Засечной черты резко уменьшило число татарских набегов на Русь. Лишь очень крупные и тщательно спланированные набеги, как набег 1571 г., прорывали Черту (правда, тогда татары спалили Москву). На следующий год прорыв удался лишь частично: в сражении под Молодями 27-тысячное русское войско, возглавляемое М.И. Воротынским, наголову разгромило 120-тысячную армию крымского хана Девлет-Гирея, включавшую 7-тысячный корпус янычар. Назад в Крым вернулось всего 20 тысяч человек. Перемещение Черты на юг позволило земледельцам начать освоение плодороднейшего российского Черноземья.
В первый период царствования Ивана IV были проведены реформы, задуманные в кругу близких к царю людей, в первую очередь священника Сильвестра и Алексея Фёдоровича Адашева. Реформы обсуждали на Земском соборе 1549 г., где были представлены разные сословия. Было решено составить новый Судебник. Через год Судебник был готов; в нем был установлен общий порядок судопроизводства. Наместники уже не могли судить дворян — дворяне получили право суда царём и его судьями. Судебник расширил права местных выборных судов, возглавляемых губными старостами. Было подтверждено право крестьян менять место жительства раз в год — неделю до и неделю после Юрьева дня (26 ноября). В 1551 г. по инициативе царя был собран церковный собор, получивший название Стоглавого, по числу глав в книге с его решениями. На соборе Ивану IV удалось добиться постановления, ограничивающего рост монастырских и церковных угодий за счет земель вотчинников. Стоглавый собор провозгласил принцип симфонии церкви и государства.
В 1552—1556 гг. была ликвидирована система кормлений, согласно которой царь посылал наместников и волостетелей в уезды и волости на кормление. Кормленщики управляли подвластной территорией, а население должно было их содержать (кормить) и платить им различные пошлины. Число кормленщиков все более возрастало, жаждущих было много, и кормления стали дробить, назначая по два и больше кормленщика на один город или волость. Жадность их была неописуема, по словам, приписываемым Ивану IV, кормленщики «были для народа волками, гонителями и разорителями». Теперь кормления были отменены; «кормленный окуп» стал поступать в казну и шел на жалованье воеводам — высшей власти в уездах. Было создано местное самоуправление: губа, где разбирали тяжбы и мелкие преступления, и земская изба, занимавшаяся общими делами. Губных старост выбирали из дворян и детей боярских, а земских старост — из зажиточных крестьян и посадских людей. Основная идея земской реформы — централизация через самоуправление.
Совершенствуются существовавшие при Боярской думе канцелярии — приказы и образуются новые. Приказы позволяли централизованно управлять разрастающимся государством. Складывается приказная бюрократия: худородные дьяки и подьячие берут на себя текущее управление страной. Ограничивается местничество — споры о старшинстве бояр по знатности происхождения. С середины XVI в. назначением бояр на должности стал ведать Разрядный приказ, учитывающий тонкости чести каждого боярина. Во время военных походов местничество было запрещено.
Была проведена военная реформа (1550—1556). Воинскую службу проходили теперь «по отечеству» (происхождению) и «по прибору» (набору). «По отечеству» служили бояре, дворяне, дети боярские, независимо от типа владений — вотчинных (наследственных) или поместных (жалованных). Служба начиналась с 15 лет и переходила по наследству. По требованию царя боярин или дворянин должен был явиться на службу «конно, людно и оружно», т. е. привести с собой боевых холопов, по одному с каждых 150 десятин земельных владений[123]. «По прибору» служили стрельцы, пушкари и городская стража. Стрельцов стали набирать с 1550 г. из служилых людей. Сначала их было 3 тысячи, а в 70-х гг.— около 15 тысяч. Служба была пожизненной. Вооруженные пищалями и бердышами стрельцы не уступали европейской пехоте. В самостоятельный род войск выделили и пушечный наряд. Служба пушкарей была постоянной, как у стрельцов. Было налажено массовое литье пушек. При осаде Казани в 1552 г. под стенами города было сосредоточено 150 тяжелых орудий. Отличились русские пушкари в Ливонии и при обороне Пскова. Таким образом, при Иване IV было положено начало регулярному войску Российского государства.