В Русско-турецкой войне 1806—1812 гг. деятельный и храбрый Михаил Андреевич во главе корпуса переправился через Днестр, вступил в Придунайские княжества и, заняв Бухарест, избавил Валахию от разорения. Продолжая действовать в составе Молдавской армии, 13 декабря 1806 г. корпус Милорадовича освободил от турок Гладень и Бухарест, а сам Михаил Андреевич заслужил золотую шпагу с бриллиантами и надписью «За храбрость и спасение Бухареста». С этим памятным оружием Милорадович не расставался никогда. А в 1807 г. он снова «на коне»: турки терпят поражение при Турбате и крепости Обилешти. 29 сентября 1809 г. за победу при Рассевате Милорадовича производят в генералы от инфантерии. В 38 лет он стал полным генералом – блестящая карьера, сделанная исключительно на поле боя.
Правда, взять крепость Журжу Милорадовичу так и не удалось, но Рущук ему покорился. Однако на этом турецкий этап в военной карьере Михаила Андреевича внезапно оборвался. У него не сложились отношения с новым главнокомандующим Молдавской армией Багратионом. Оба, не без оснований считавшиеся любимцами Суворова, жестко конкурировали в вопросах воинской славы! Осенью 1809 г. из-за разногласий с Багратионом наш герой был переведен в Валахию командиром резервного корпуса.
С 1810 г. Михаил Андреевич уже Киевский военный губернатор. В сентябре по собственному прошению его уволили в отставку, но 20 ноября того же года вновь приняли на службу и вновь назначили шефом Апшеронского полка.