Попав под тщательный присмотр петербургского полицейместера П. В. Лопухина, масоны перемещают центр своей деятельности в Москву. Там вскоре возникает ложа «Гармония», в состав которой входят такие видные масоны, как И.-Г. Шварц и Н. И. Новиков. В поисках новых форм организации члены этой ложи поручают первому из них поехать в Прибалтику и Германию, чтобы узнать следы «истинного масонства». 1 октября 1781 года в Берлине Шварц был принят в розенкрейцеры и получил полномочия быть «единственным верховным представителем ордена во всем Императорско-русском государстве в его землях». «Главным надзирателем» был назначен Новиков. Как и берлинские братья, московские розенкрейцеры XVIII века были глубокими и убежденными мистиками. Не отвергая нравственной стороны первых трех степеней масонства, главную свою цель розенкрейцеры видели все же в познании тайной науки, якобы сохраненной еще со времен Адама масонами и известной в настоящее время только начальникам их ордена. Что касается содержания этой тайной науки, то оно сводилось у них к исканию философского камня, панацеи (универсального средства от всех болезней), обращения металлов в золото и мистическим толкованиям Библии. Но розенкрейцеровская верхушка преследовала и тайные политические цели. Согласно свидетельству одного из близких друзей Шварца — профессора всеобщей истории Московского университета Иоганна Виганда, — «единственный верховный представитель» был послан немецкими братьями с тайной миссией ниспровержения Православия на Руси.
Одну из главных задач московские розенкрейцеры видели в издании в широких масштабах масонской литературы и сочинений французских энциклопедистов. Куратор Московского университета масон Херасков сдал Новикову в аренду университетскую типографию. Позже на денежные пожертвования богатых масонов Новиков создает «типографское товарищество», которое покупает несколько типографий и организует книжные лавки во многих городах.
В Москве масоны долгое время совершенно беспрепятственно работали по распространению своих идей. В их рядах состояло много официальных государственных лиц и знати. Масонам покровительствовал московский митрополит Платон, считавший проповедовавших «истинную религию» менее вредными, чем атеисты-вольтерьянцы. Все переменилось, однако, в тот момент, когда московским главнокомандующим был назначен граф Брюс, который подозревал, что просветительская деятельность есть только маскировка тайных политических целей масонов. К такому убеждению он пришел на основании сведений, полученных о революционных замыслах европейского масонства. В 1785 году по приказу курфюрста Баденского был арестован глава нового масонского Ордена иллюминатов Адам Вейсгаупт. Обнаруженные при аресте у Вейсгаупта бумаги показали, что Орден иллюминатов воспитывал членов ордена в идеях борьбы за уничтожение всех монархий в Европе. В секретной программе ордена Вейсгаупт писал: «Все члены нашего общества, заветную цель которого составляет революция, должны незаметно и без видимой настойчивости распространить свое влияние на людей всех классов, всех национальностей и всех религий, должны воспитывать умы в одном направлении, но делать это надлежит в самой глубокой тишине и со всевозможной энергией. Работающий таким образом над разрушением общества и государства должен иметь вид человека, удалившегося от дел и ищущего только покоя; необходимо также, чтобы приобрести приверженность горячих голов, горячо проповедовать всеобщие интересы человечества. Эта работа не может быть бесплодной; тайные общества, если бы они не достигли нашей цели, охлаждают интерес к государственной пользе, они отвлекают от церкви и государства лучшие и прилежнейшие умы.
<…>Все усилия монархов и монархистов помешать нашим планам — будут бесплодны. Искра долго может тлеть под пеплом, но настанет день, когда вспыхнет пожар.
<…>Когда влияние наших многочисленных последователей будет господствовать, пусть лишь тогда сила явится на смену невидимой власти. Тогда вяжите руки всем сопротивляющимся, душите зло в корне, давите всех, кого вы не сумели убедить».
Екатерина интересовалась европейскими делами и следила за процессом по делу иллюминатов. В этом нас убеждает то, что указ графу Брюсу и митрополиту Платону о проверке всех книг, изданных Новиковым, она отдала в том же 1785 году. От литературной полемики царица переходила к конкретным действиям, ибо масонское дело пахло революцией.