При Екатерине Великой масонство пережило пору расцвета. На первых порах царица относилось к нему очень терпимо. «Есть даже сведения, что она оказывала покровительство ложе «Клио»
В 70-х годах благодаря усилиям И. П. Елагина — писателя, сенатора, управляющего императорскими театрами — русское масонство превращается в массовую политическую силу. Елагинские ложи были подотчетны Великой ложе Англии. На имя Елагина был оформлен официальный патент, согласно которому он провозглашался великим мастером Провинциальной ложи России и обязывался предоставлять ежегодный отчет в Лондон. Все обряды и ритуал, которых придерживались братья елагинских лож, были заимствованы у английских братьев. Ложи Елагина работали по английской (иоанновской) системе, в которой используются только три первые степени посвящения.
Наряду с этой сетью лож в Петербурге возникли ложи другого масонского союза во главе с гвардейским генерал-аудитором немцем бароном П.-Б. Рейхелем, работавшие по системе рыцарских степеней. В рейхелевских ложах гораздо слабее были требования к дисциплине, пышности и блеску заседаний, а все основное внимание сосредотачивалось на вопросах морального и нравственного самоусовершенствования. Со временем русские масоны стали отдавать предпочтение ложам Рейхеля, и елагинская организация потеряла значительное число своих членов. Положение рейхелевских лож тем не менее было тоже не из легких. Дело в том, что берлинское масонское начальство Рейхеля по соглашению с Великой ложей Англии совершенно неожиданно отказалось от своего детища. Да и конкурировать с елагинскими ложами, пользовавшимися негласной поддержкой императрицы, немецкому барону было опасно. С другой стороны, и Елагин, видя, что все симпатии братьев целиком и полностью на стороне новой системы, вынужден был перейти к политике маневрирования. Закончилась она тем, что 3 сентября 1776 года обе системы объединились в одну, причем Елагину пришлось отказаться от английской системы трех степеней и перевести все ложи на работу по рейхелевским актам. Со своей стороны, и Рейхелю пришлось уступить, и немало, так как великим мастером новой Великой провинциальной ложи был провозглашен его конкурент Елагин.
Екатерину, как женщину, не склонную к мистицизму, масонские обряды и ритуальные игры изрядно веселили. Первое полемическое сочинение Екатерины II, направленное против масонов, — «Тайна противонелепого общества», остроумная пародия на масонские ритуалы — вышло в свет в 1780 году. В последующем ее недовольство деятельностью «вольных каменщиков» вылилось в написанных ею и поставленных в 1786 году трех комедиях: «Обманщик», «Обольщенный» и «Шаман сибирский». Комедии разоблачают и осмеивают масонов. Негодование империатрицы было вызвано замкнутостью масонского сообщества, его тягой к мистицизму и критикой российской действительности. Но что касается реальных политических шагов братства, то здесь императрица проявляла известную осторожность и бдительность.
Особенно насторожило ее, что под началом князя Г. П. Гагарина в 1779 году в Петербурге были открыты ложи, подчинявшиеся верховному шведскому масонскому правлению. В целях конспирации их члены носили двойные имена: под одними они были известны только избранным братьям, под другими — всем остальным «каменщикам». Инструкцию для руководителей этих лож подписал сам герцог Зюдерманландский. Из нее, в частности, следовало, что подлинная власть над русскими братьями сосредотачивалась в его руках. И шведский герцог не преминул ею воспользоваться. В структуру своего масонского ордена он в качестве 9-й провинции наряду со Швецией включил также и Россию, поставив русских масонов в прямую зависимость от шведских братьев. Узнав об этом, царица приказала закрыть все гагаринские ложи. В данном случае, понимая, что масоны действуют в интересах чужих государств, она стремилась предельно обезопасить себя и свою власть, говоря современным языком, от «агентов влияния».