Курсом России в отношении НАТО и ЕС стало «суверенное партнерство». В июне 1994 года, вскоре после присоединения РФ к «Партнерству во имя мира», было подписано Соглашение о партнерстве и сотрудничестве между нею и Евросоюзом. Оно было менее содержательным, чем Европейские соглашения об ассоциации с ЕС государств Центральной и Восточной Европы.
Данное соглашение устанавливало формат диалога между Президентом России и руководством Комиссии Европейских сообществ и ставило целью — создание зоны свободной торговли. Эти партнеры ставили перед собой задачу регулирования торговых отношений, в значительной степени состоявших из поставок в государства Европейского союза российских энергоносителей (две пятых потребляемого в нем газа и восьмая часть нефти) и встречных поставок в РФ из ЕС машин и оборудования, продукции химической и пищевой промышленности и других промышленных товаров (более трети всего российского импорта).
В 1990-е годы развитие двусторонних отношений было вялым из-за долгих бюрократических процедур, отсутствия понимания структур и механизмов ЕС в Москве и усилий лоббистов в Брюсселе. Первая чеченская кампания и неясности с переизбранием Бориса Ельцина Президентом РФ отсрочили вступление соглашения в силу до декабря 1997 года. В 1998 году Россию поразил финансовый кризис, годом позже началась вторая кампания в Чечне и произошла смена власти в Кремле. Опубликованные в 1999 году Коллективная стратегия ЕС в отношении России и российская Стратегия развития отношений с ЕС на среднесрочную перспективу были типичными бюрократическими документами, не наполненными реальным содержанием. Активизация по описанным в них вопросам наступила лишь с Парижского саммита Россия — ЕС, состоявшегося 30 октября 2000 года.
Выступая 21 октября 2001 года в германском бундестаге, Путин предложил Европе объединить собственные возможности с российскими людскими, территориальными, природными, экономическими, культурными, оборонными ресурсами.
Определился горизонт развития отношений в формате зоны свободной торговли ЕС — Россия. С 2003 года ЕС и РФ занимаются проблемами формирования «общих пространств» в сферах экономики, контактов между людьми, законности и правопорядка, внешней безопасности. Это — реализация европейской «политики соседства», развивающей существующие взаимоотношения Евросоюза и России как давних внешних партнеров.
Благодаря выгодной конъюнктуре цен на энергоносители и другим факторам РФ не испытывает острой потребности в финансовых вливаниях. Иностранные инвестиции важны как средство привлечения передовых технологий и стимул для улучшения качества корпоративного управления.
Но появление в 1995 году первого 1300-километрового участка границы России с членом ЕС Финляндией, а в 2004 году еще нескольких сотен километров рубежа с Эстонией, Латвией, Литвой и Польшей мало что в этом изменило. Малопродуктивной оказалась попытка перенести на пограничье РФ и ЕС опыта создания еврорегионов.
В 1990-е годы и в 2004 году произошедшее расширение ЕС рассматривалось почти панацеей от расширения НАТО, имевшего для позиций России в Европе гораздо большее значение, чем прошедшие в 1999 и 2004 годах две волны включения в него новых членов. Приблизившийся Европейский союз приносит России массу проблем, но открывает большие возможности. После двойного, атлантического и европейского, расширения к 2004 году практически весь Евразийский континент за пределами СНГ объединился под эгидой Североатлантического альянса и Европейского Союза. Остающиеся за их пределами Балканы признаются зоной ответственности ЕС. После этого он стал ассоциироваться с Европой, а ее безопасность стала фактически внутренним делом Евросоюза и НАТО.
Осенью 2000 года, неожиданно для РФ, под давлением снизу в Белграде рухнул режим Слободана Милошевича. Его, как и Саддама Хусейна, поддерживали прежде всего потому, что он активно сопротивлялся Западу и удержанием своей страны оставлял некоторое пространство для действий России как великой державы. С уходом Милошевича Балканы для Москвы стали только Балканами. Вывод в 2003 году российских миротворцев из Боснии и Герцеговины и Косова стал признанием того факта, что эти территории, а также безопасность Македонии и Албании, дальнейшая судьба Сербии и Черногории, будущее разделенного Кипра — это дело прежде всего Евросоюза.