К 1 марта движение на флангах к западу оторвало японцев на сорок миль от их исходных позиций. Генерал Куропаткин понял, что его обошли с флангов, и послал в этот район войска для подкрепления. 4-я японская армия атаковала русских в этом секторе, к востоку от железной дороги, но атаки были совершенно безуспешны. Так же безуспешны были и попытки 5-й армии продвинуться на восточном фланге русских. На востоке русские солдаты храбро и очень эффективно сражались в скалистых горах.
На следующий день, 2 марта, свежие русские части в западном секторе остановили японское продвижение. Маршал Ояма оказал сильное давление на русский центр, где 2-я японская армия предприняла наступление. Но везде усилия 4-й, 1-й и 5-й армии сводились на нет яростным сопротивлением русских.
3 марта между тем японцы опять продвинулись вперед на востоке, и 2-я Маньчжурская армия была отброшена назад к берегам реки Хуньхэ. 3-я Маньчжурская армия на левом фланге также отошла назад, чтобы удержать линию обороны. Генерал Куропаткин продолжал вмешиваться в действия местных командиров, и произошел конфуз. Генерал Топорнин начал атаковать японцев 16-м русским корпусом, но Куропаткин велел отступить. Генерал Биргер первым попробовал атаковать, потом преследовал врага своей кавалерией. Генерал Греков со своими войсками бездействовал. На востоке русские остановили 5-ю армию, и маршал Ояма приказал генералу Куроки помочь генералу Кавамуре снова начать наступление.
4 марта изменений было мало. Генерал Куропаткин был готов остановить разгром 2-й Маньчжурской армии и вернуть ее под контроль. Японцы не знали, как сильно их атаки дезорганизовали русские войска, и перестали двигаться вперед на западе. Это дало генералу Куропаткину шанс перебросить резервы и решиться на контратаку, но генерал Куропаткин не нанес удара, отвлекающего внимание противника, нигде вдоль линии обороны, и маршал Ояма сумел сконцентрировать против этой атаки все силы. Атака провалилась. Японский маршал тем временем передал все свои резервы для массированного наступления на севере и западе. Он пробовал повернуть армии и выйти к Мукдену. К вечеру его резервы были к западу от Мукдена.
На следующий день генерал Куропаткин возобновил атаки на 3-ю японскую армию, но они опять были неудачными, и теперь он оставил идею отбросить японцев на этом участке фронта. 4-я японская армия немного продвинулась вперед, но наиболее важным событием в этот день было соединение 1-й и 5-й армий.
К 7 марта русские потеряли надежды возобновить наступление и сражались за Мукден. 3-я японская армия продвинулась на север от Мукдена, чтобы отрезать генерала Куропаткина от железной дороги, соединяющей маньчжурские армии с Европейской Россией. Если перерезать эту линию, то война для русских будет проиграна. В этот вечер генерал Куропаткин приготовился отходить от линии сражения при Шахэ вдоль центра своего фронта. Он надеялся вернуть резервы, чтобы начать контратаку против 3-й японской армии. Он стал готовиться к этому на другой день, успел вернуть резервы и не дал японцам взять жизненно важную линию железной дороги.
9 марта, в четверг, началась решающая фаза сражения. Разыгралась сильная буря. Юго-западный штормовой ветер дул на поле сражения весь день, иногда поднимая облака пыли, так что видимость составляла не более сотни ярдов. 4-й, 1-й и 5-й армиям было приказано давить 1-ю и 3-ю Маньчжурские армии русских, отходившие к Мукдену, чтобы помочь генералу Куропаткину резервами, необходимыми ему для броска против 3-й японской армии на западе. К концу дня русские позиции были почти безнадежными, потому что атаки на западе провалились, как обычно бывает у русских. Атаки были слабыми и заподзавшими, а японцы смело шли в рукопашную. На востоке войска 1-й армии генерала Куроки подошли близко к железной дороге, что означало для русских опасность окружения в Мукдене, откуда они не смогут уйти или получить подкрепление. В шесть сорок пять вечера 9 марта генерал Куропаткин приказал русским армиям произвести общее отступление вдоль железной дороги на Телин — следующий большой город на севере. Он не знал в этот момент, что части японской армии прорвали центр фронта и угрожали отрезать половину его армий и окружить их.