В последние годы сталинского правления не произошло ни одного крупного процесса или массовой операции, напоминавших собой «большой террор» предвоенного времени, однако постепенно именно в этот период спецпоселения и лагеря ГУЛАГа достигли наибольшего «наполнения». По состоянию на 1 апреля 1946 года количество заключённых в местах лишения свободы превысило полтора миллиона человек. Данные ежеквартальной сводки серьёзно озадачили министра внутренних дел Круглова С.Н., и он поручил своему заместителю, наблюдавшему за работой ГУЛАГа, разобраться с ситуацией.
27 мая 1946 года генерал-полковник Чернышов В.В. представил докладную записку, в которой отразил динамику движения заключённых с момента объявления амнистии летом 1945 года по текущее время. Оказалось, что по амнистии освободили 650 тысяч человек, но в это же время начались новые аресты за совершённые преступления, в результате чего количество заключённых существенно возросло. Так, за последние шесть месяцев было заключено под стражу и поступило в тюрьмы НКВД и лагеря ГУЛАГа 526 тысяч человек, из которых органы внутренних дел арестовали 64 процента, а органы государственной безопасности — 12 процентов от указанного числа. Остальное падало на прокуратуру и взятие под стражу в зале суда. Из арестованных органами внутренних дел 89 процентов приходилось на территориальную и транспортную милицию.
Значительное количество арестов, произведенных милицией, свидетельствовало о возросшей её активности в работе по борьбе с хулиганством, спекуляцией, скотокрадством, нарушениями паспортного режима и другими уголовными преступлениями. Причём, количество арестованных почти равномерно распределялось по всей территории страны. Таким образом, можно было засвидетельствовать, что милиция повсеместно зорко стояла на страже существовавшего в ту пору законодательства.
В связи с ростом численности контингента Главное управление лагерей испытывало значительные затруднения в обеспечении заключённых продуктами и вещевым довольствием. Частично дефицит покрывался за счёт посылок и передач от родных: МВД принимало этот вид помощи людям, лишённым свободы, беспрепятственно и в любом количестве.
В условиях недостатка рабочей силы, обусловленного огромными людскими потерями в годы войны, осуждённые и военнопленные явились подневольными тружениками, использовавшимися на стройках по восстановлению объектов, разрушенных при ведении боевых действий. Одним из первых крупных сооружений, залечивших раны войны, явился Беломорско-Балтийский канал, о завершении восстановительных работ на котором министр внутренних дел Круглов С.Н. доложил Сталину И.В. 26 июня 1946 года.
Важнейшей задачей ГУЛАГа с этого времени стало обеспечение рабочей силой строек атомной промышленности, которые вёл Главпромстрой МВД СССР, возглавлявшийся генерал‑майором инженерно-технической службы Комаровским А.Н. К концу 1946 года в ведении этого Главка было уже 11 специальных строительств, расположенных в Нарве, подмосковной Электростали, поселке Большая Волга (нынешняя Дубна), Челябинске, Сарове, Свердловске, Березниках и узбекском Чирчике. Объём работ по атомной программе, которую от МВД курировал заместитель министра внутренних дел генерал-лейтенант Завенягин А.П., был столь велик, что Главпромстрой освободили от других выполнявшихся им задач, передав незаконченные объекты и материально-имущественные ценности тем министерствам, в чьих интересах велось строительство.