Очень сложным для ГУЛАГа явился 1948 год. В условиях обострения «холодной войны» началась борьба с возможными проводниками западного влияния. В связи с этим правительством было решено наиболее активных врагов Советской власти содержать в более строгой изоляции от общества. Во исполнение личного указания Сталина И.В. 27 января 1948 года министр внутренних дел Круглов С.Н. и министр государственной безопасности Абакумов В.С. представили вождю свои предложения по этому вопросу. В результате 21 февраля 1948 года вышло постановление Совета Министров СССР «Об организации лагерей и тюрем со строгим режимом для содержания особо опасных государственных преступников и о направлении их по отбытии наказания на поселение в отдалённые местности СССР». Места лишения свободы «нового типа» предназначались для содержания осуждённых «шпионов, диверсантов, террористов, троцкистов, правых, меньшевиков, эсеров, анархистов, националистов, белоэмигрантов и участников других антисоветских организаций и групп, а также лиц, представляющих опасность по своим антисоветским связям и враждебной деятельности». По сравнению с обычными ИТЛ, в особых лагерях вводились повышенные меры охраны, запрещались все льготы, например, такие, как сокращение сроков наказания. Заключённых этих лагерей предписывалось использовать только на тяжёлой физической работе, причём за свой труд они не должны были получать никакого вознаграждения.
Первоначально было организовано пять особых лагерей с общей численностью «наполнения» до 100 тысяч человек. На местах создали комиссии из представителей МВД, МГБ и Прокуратуры, которые отбирали заключённых, подлежавших переводу в эти лагеря. Строгий контроль за поведением контингента обеспечивался организованными при лагерях отделами МГБ, которые вели свою работу «с целью пресечения попыток продолжения заключёнными вражеской работы из лагерей, а также выявления оставшихся на свободе связей и их разоблачения». Однако с созданием особых лагерей у МВД возникли значительные трудности, поскольку в ряде случаев не хватало строений для размещения заключённых и охранявших их конвойных войск, а для возведения заграждений в соответствии с новыми требованиями не оказалось необходимого количества колючей проволоки. Вместе с тем число особых лагерей постепенно росло, и к концу 1952 года их стало уже 12, содержавших 221435 «особо опасных преступников» [44].
В январе 1950 года министр внутренних дел Круглов С.Н. представил на имя Сталина И.В., Берия Л.П. и Маленкова Г.М. следующий доклад о работе уголовно-исправительных учреждений за предыдущий год. В системе МВД к этому времени имелось 86 исправительно-трудовых лагерей, 9 особых лагерей и 1019 исправительно-трудовых колоний и лагерных подразделений, подчинённых местным органам внутренних дел. В этих местах лишения свободы содержалось 2 558 275 заключённых. Из них отбывали наказание за контрреволюционные преступления 578 912 человек, или 22,7 процента от общего числа контингента. В течение 1949 года в лагеря и колонии поступило 929 430 заключённых. За это же время 735 840 человек выбыло ввиду отбытия срока наказания и досрочного освобождения на основании определений судебных органов. В число «помилованных» в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 апреля 1949 года вошли 55402 женщины, беременные либо имевшие малолетних детей.
За счёт осуждённых за хищение государственного и общественного имущества, а также личного имущества граждан численность содержавшихся в лагерях и колониях за прошедший 1949 год возросла на 193590 человек. При этом в связи с усилением уголовной ответственности за хищения, кражи и разбой количество осуждённых на длительные сроки лишения свободы составило: свыше 10 лет — 366489 человек, свыше 20 лет — 82445 человек.
По состоянию на 1 января 1950 года в особых лагерях МВД содержалось 171 165 заключённых, в том числе: «шпионов — 12694, диверсантов — 2661, террористов — 5582, националистов — 59779, и лиц, представляющих опасность по своим антисоветским связям и антисоветской деятельности, — 55832». За прошедший год по назначению МГБ в особые лагеря было направлено 34097 человек, осуждённых за особо опасные государственные преступления.
В результате мер, предпринятых МВД СССР, количество побегов заключённых значительно сократилось. Санитарная служба в лагерях и колониях несколько улучшилась. Через сеть специальных оздоровительных подразделений прошли 300 901 заключённых с «пониженным физическим состоянием», из которых «до полной трудоспособности» восстановилось 69,3 процента. «В результате улучшения материально-бытовых условий содержания заключённых, а также усиления лечебно-профилактической работы, смертность заключённых в 1949 году снизилась и составила 0,1 процента против 0,18 процента в 1948 году к общему числу заключённых, содержащихся в лагерях и колониях МВД СССР».