Естественным желанием нового руководителя Наркомата-Министерства внутренних дел являлось наведение надлежащего порядка и обеспечение точного учёта наказанного Советской властью «спецконтингента», за который Круглов С.Н. теперь отвечал перед партией и правительством. В связи с этим, для того чтобы иметь информацию о реальном состоянии дел не только от собственных служб, но и с мест, приказом НКВД СССР от 1 марта 1946 года в составе Отдела спецпоселений было создано отделение по рассмотрению жалоб и заявлений спецпереселенцев. Однако попытка охватить тотальным наблюдением и контролем все контингенты и все стороны жизни огромного, разбросанного географически, неоднородного по национально‑ментальному, идеологическому и религиозному принципам населения спецпоселков, имевшего также различный статус (трудпоселенцы, спецпереселенцы, ссыльнопоселенцы, выселенцы), оказалось делом практически трудно осуществимым.
Ещё раньше потребность в регламентации управления столь сложной системой повлекла создание единых государственных документов, отображавших состояние дел и определявших права и обязанности «наказанной» и контролирующей сторон. 8 января 1945 года Совнаркомом СССР были приняты постановления «О правовом положении спецпереселенцев» и «Об утверждении Положения о спецкомендатурах НКВД». Согласно этим документам, спецпереселенцы пользовались всеми правами граждан СССР, за исключением того, что без разрешения коменданта своей спецкомендатуры не имели права отлучиться за пределы района расселения (дальше трех километров). Самовольный отъезд рассматривался как побег и приводил к ответственности в уголовном порядке. Главы семей обязаны были в трёхдневный срок сообщать в свою спецкомендатуру о всех изменениях, произошедших в составе их семей (рождение ребенка, смерть родственника, побег и т. п.). В остальном, все трудоспособные спецпоселенцы обязаны были заниматься общественно-полезной работой, в чём им должны были способствовать местные советы депутатов трудящихся, действовавшие в согласии с органами внутренних дел. За нарушение трудовой дисциплины спецпереселенцы привлекались к ответственности в соответствии с тогдашними законами, а за несоблюдение режима и общественного порядка могли быть оштрафованы на 100 рублей или арестованы до пяти суток. Спецкомендатуры «в целях обеспечения государственной безопасности» должны были следить за общественным порядком, предотвращать побеги и контролировать хозяйственно-трудовое устройство спецпереселенцев. Наложение комендантом административного взыскания должно было утверждаться начальником районного отделения НКВД, а применение ареста — санкционироваться прокурором. Дела о побегах, бандитизме и контрреволюционных преступлениях следовало направлять через соответствующие органы внутренних дел на рассмотрение Особого совещания НКВД СССР [45].
Однако, реальное положение дел в связи с прибытием новых контингентов и освобождением отбывших наказание, заменой срока на пожизненную ссылку, материальными претензиями потерявших своё имущество семей, озлобленностью обездоленных людей, бытовой неустроенностью, плохим питанием и одеждой, побегами с мест поселения и возвращением пойманных беглецов, плохим знанием русского и местных национальных языков, недостаточностью и низкой квалификацией работников спецкомендатур, невниманием местных властей к нуждам спецпереселенцев и другими разнообразнейшими жизненными проблемами обусловливало большую неразбериху в данном вопросе. В июне 1946 года Министерство внутренних дел подготовило проект Устава о спецпереселенцах, в котором в законодательном порядке закреплялся весь процесс пребывания на спецпоселении и трудоустройства различных категорий репрессированных, начиная с момента погрузки в эшелоны и до освобождения из спецпоселков, а также разграничивались между МВД и МГБ полномочия по контролю за спецконтингентом. Однако правительством этот документ так и не был утверждён.