По результатам проведенной в начале 1947 года проверки, состояние учёта ссыльных и высланных и гласного надзора за ними министр внутренних дел Круглов С.Н. в своём приказе от 18 февраля 1947 года определил как «неудовлетворительное». В ряде областей не имелось точных данных о наличии подконтрольного контингента, гласный надзор должным образом не осуществлялся. Так, при сверке наличия спецпоселенцев в районах их проживания с учётными данными, представленными ОСП, оказалось, что «не было установлено» в Омской области — 864 человека, в Тюменской области — 1714 человек, в Кировской области — 224 человека. В Казахской ССР, наоборот, выявили 1039 человек, которые не состояли на учёте. Значительное количество ссыльных и высланных крайне нерегулярно являлись на регистрацию. Одной из серьёзнейших проблем являлись побеги. Часто это случалось из-за того, что большие семьи оказывались разбросанными по различным районам среднеазиатских республик, и естественным желанием являлось стремление воссоединиться, чтобы проживать вместе. С другой стороны, неизвестность, тяготы пути, голод, болезни, смерть близких толкали людей на отчаянные шаги в попытке вернуться и спрятаться где-нибудь на Родине. Министерство внутренних дел постоянно предпринимало усилия к объединению разрозненных семей. Но в то же время, в соответствии с указаниями правительства, в отношении бежавших ужесточались карательные меры. По постановлению СНК от 8 января 1945 года побег со спецпоселения приравнивался к бандитизму и контрреволюционным преступлениям, а дела по этому вопросу следовало направлять на рассмотрение Особого совещания во внесудебном порядке. Для предупреждения побегов в среде спецпереселенцев создавалась агентурно-осведомительная сеть, но и она не всегда давала необходимые результаты, поскольку «в ряде мест оказалась серьёзно засоренной двурушниками, дезинформаторами и прямыми предателями». Ни старательно насаждавшаяся агентура, ни заслоны на дорогах не могли остановить людей, спасавшихся бегством от тяжёлых условий существования и работы. В ход шли любые уловки: сговор с комендантами для незаконного получения разрешения на выезд в места прежнего жительства или создание целых групп по изготовлению и торговле фальшивыми документами. Так, во Владивостоке «группа лиц» в составе работника горвоенкомата, начальника паспортного стола и учётчиц военно-учётного стола при содействии двух спецпереселенцев занималась «выдачей за взятки паспортов и военных билетов спецпереселенцам, по которым они совершали побеги». Не очень помогло в деле пресечения побегов издание соответствующих директив и приказов МВД СССР. На 1 января 1948 года в бегах находилось около 17 тысяч спецпоселенцев, причём почти треть из них составляли «особо опасные контингенты» — «власовцы» и «оуновцы».