Все трудоспособные выселенцы и спецпоселенцы, составлявшие 1282000 человек, были заняты в районах расселения на работах в сельском хозяйстве (546550 человек) и в различных отраслях промышленности (угольной, лесной и бумажной, местной, металлургической, золотодобывающей, нефтяной, пищевой, легкой, машиностроении, рыбной, химической и других) и строительствах (стройки МВД, железнодорожные МПС, тяжёлой индустрии и другие). Работа по обеспечению строгого режима, организации учёта, трудового использования и административного надзора осуществлялась 2679 специальными комендатурами МВД, на обслуживании каждой из которых состояло от 300 до 1000 взрослых выселенцев и спецпоселенцев. Во исполнение указания правительства о наведении полного порядка в учёте, органами МВД были проведены «поголовный переучёт и перепись» всех выселенцев и спецпоселенцев «путём подворного обхода, а также личного вызова в спецкомендатуры». На основе полученных данных были созданы картотеки персонального учёта и централизованная картотека МВД СССР. В результате проведенной работы сократилось количество побегов с мест поселений. После объявления указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 ноября 1948 года «Об уголовной ответственности за побег из мест обязательного поселения» многие выселенцы стали стремиться к тому, чтобы «прочно обустраиваться в местах поселения», начали получать приусадебные земельные участки, строить жилые дома, приобретать скот и домашнее имущество. Органы МВД старались «строжайше» выполнять указания Правительства СССР «об установлении такого режима в местах расселения выселенцев, который исключал бы всякую возможность их побегов». По каждому случаю побега производилось тщательное расследование, и виновные строго наказывались. Органы МВД принимали «активные меры розыска», и задержанные привлекались «к уголовной ответственности по закону». За первые три месяца 1949 года Особым совещанием при МВД СССР «за самовольный выезд (побег) из места обязательного поселения» по упомянутому указу было осуждено к 20 годам каторжных работ 489 выселенцев. Эти постановления объявлялись всем выселенцам, проживавшим в тех местах, откуда совершился побег. Лица, виновные в укрывательстве беглецов или способствовавшие их побегу, привлекались к уголовной ответственности. Руководство Министерства внутренних дел заверило верховную власть страны, что работа по дальнейшему усилению административного надзора и укреплению режима «проводится под нашим повседневным руководством и контролем» [45].
Однако Прокуратура СССР считала, что «в исключительных случаях, когда будет точно доказана самовольная отлучка из района расселения, без умысла совершить побег», виновного не следовало привлекать к уголовной ответственности, а инкриминировать лишь нарушение режима. Помимо этого, только в административном порядке должны были отвечать выселенцы за переезд к своим родственникам, также находившимся в местах специальных поселений. Для того чтобы устранить причины, дававшие достаточно большой процент побегов, МВД в августе-сентябре 1949 года провело массовое воссоединение семей спецпереселенцев. Для этой цели организовали даже специальные эшелоны и разработали маршруты их движения.