Главное управление Дальстроя включало такие управления и отделы: Главное геолого-разведочное управление, Производственно-технический отдел, Плановый и Финансовый отделы, Управление капитального строительства, Управление исправительно-трудовых лагерей, Управление автотранспорта, Управления дорожного строительства и шоссейных дорог, Управление «Дальстрой-уголь», Управление морского пароходства, Колымское речное управление, Авиаотряд Дальстроя, Управление сельского хозяйства, Управление рыбопромыслового хозяйства, Управление связи, Санитарное управление и Управление местной промышленности. Кроме того, имелись отделы, ведавшие ремонтно‑механическими и подсобными заводами, мастерскими, фабриками и хозяйствами, культурно-просветительными и коммунально-бытовыми учреждениями и предприятиями.
В состав Дальстроя входило в то время восемь горно-промышленных территориальных управлений: Северное с центром в посёлке Ягодное, расположенном на расстоянии 545 километров от Магадана, Западное с центром в посёлке Сусуман на расстоянии 641 километра от Магадана, Чай-Урьинское, Индигирское с центром в поселке Нера (1060 километров от Магадана), Тенькинское в посёлке Усть-Омчуг, Юго-Западное (посёлок Сеймчан в 600 километрах от Магадана), Янское (посёлок Эсэ-Хайя в 1200 километрах от Магадана) и Чаун-Чукотское (посёлок Певек в 2000 километрах от Магадана). Каждое из этих управлений имело полный набор функционально необходимых предприятий: золотые и оловянные прииски, рудники, обогатительные фабрики, геолого-разведочную службу, электростанции, ремонтно‑механические мастерские, автобазы и дорожные отделы, связь, санитарные учреждения, предприятия торговли и общественного питания, жилищно-коммунальное хозяйство, подсобные сельские и лесные хозяйства, стройконторы и мастерские бытового обслуживания.
Должность начальника Дальстроя с 1939 года занимал генерал-лейтенант Никишов И.Ф., в 1944 году удостоенный звания Героя Социалистического Труда, а в 1945 году награждённый полководческим орденом Кутузова I степени. Заместителями начальника являлись: по добыче золота — полковник Гагкаев М.А, по добыче олова — инженер-полковник Груша М.А., по геологоразведке и он же главный геолог — Герой Социалистического Труда генерал‑майор инженерно-технической службы Цареградский В.А., по строительству — полковник Поспелов М.Л., по кадрам — полковник Никешичев Н.А., по лагерю — генерал‑майор Титов Н.Ф. Должность начальника политического управления занимал генерал‑майор Сидоров И.К.
За обеспечение правопорядка на этой огромной территории отвечал начальник Управления МВД по Дальстрою генерал‑майор Окунев П.И., в подчинении которого находились Отделение контрразведки, Секретно-политический и Экономический отделы, Управление милиции, Внутренняя тюрьма и другие службы.
Снабжение обеспечивали Московский трест «Дальстройснаб» и Магаданский трест «Колымснаб», который имел в своём распоряжении Приморское управление (в районе Владивостока), Управление перевалочной базы в бухте Ванино, Нагаевский порт, конторы, отделения и снаббазы.
Обязанности по наблюдению за работой Главного управления Дальстроя в период Отечественной войны и после её окончания осуществлял заместитель наркома внутренних дел СССР Завенягин А.П., а с 25 апреля 1946 года — заместитель министра внутренних дел СССР генерал-лейтенант Мамулов С.С.
Общая численность работавших в Дальстрое в это время составляла 205 тысяч человек, из них около 70 тысяч являлись заключёнными, немногим более 30 тысяч составляли спецвыселенцы (в основном «власовцы») и до 4 тысяч было военнопленных японцев. Количество вольнонаёмных достигало 101 тысячи человек, причём 11 тысяч из них относились к инженерно-техническим работникам (ИТР). До 70 процентов вольнонаёмных рабочих и ИТР составляли бывшие заключённые, «добровольно-принудительно» осевшие в этих краях.