В общем-то, Лаврентий Павлович в определённой мере был прав, поскольку по ряду причин дела на Волгодонстрое действительно шли недостаточно успешно. 1 ноября 1948 года Жук С.Я. в своём рапорте на имя Круглова С.Н. раскрыл один из личностных мотивов такого положения дел: «Истекшие шесть месяцев моей работы в качестве главного инженера Волгодонстроя показали полное расхождение между мной и начальником строительства т. Павловым как по основным, принципиальным вопросам строительства, так и почти по всем вопросам организации работы. Эти расхождения наметились с первых же дней организации управления строительства и в настоящее время приняли такую острую форму, что я вынужден обратиться к Вам с настоящим рапортом. …Действия тов. Павлова, в первую очередь, объясняются тем, что он не имеет опыта организации крупных строительств. Организационные мероприятия тов. Павлова обычно бывают мало удачны и создают ненужные затруднения для развития работ. …Действия тов. Павлова бывают иногда настолько нелепы, что граничат с самодурством. …К тому же следует добавить, что наряду с беспочвенным упрямством, тов. Павлов чрезвычайно груб с подчиненными. …тов. Павлов не может объединить вокруг себя коллектив строителей и создать условия для его плодотворной работы. В течение шести месяцев я предпринимал всё от меня зависящее, чтобы установить с тов. Павловым нормальные деловые отношения. Однако добиться этого я не смог. Не считая возможным ставить вопрос о моём освобождении от должности главного инженера Волгодонстроя или хотя бы от ответственности за нормальный ход строительства и окончание его в установленный правительством срок, я считаю своим долгом поставить Вас в известность о создавшемся положении и просить Вашего вмешательства для установления на строительстве нормальных условий работы» [47].
Конфликт между Павловым К.А. и Жуком С.Я. через некоторое время был разрешен: приказом МВД СССР от 14 января 1949 года «в целях сосредоточения главного внимания Главгидростроя МВД СССР на строительстве Волго-Донского водного пути» начальник Главгидростроя МВД СССР Рапопорт Я.Д. был назначен (по совместительству) начальником Волгодонстроя с освобождением от этой должности Павлова К.А., которого уволили из органов МВД СССР в отставку «по болезни».
Строительство Волго-Донского канала и других гидротехнических сооружений происходило в тех местах, по которым несколько лет назад прокатились боевые действия Великой Отечественной войны. В связи с этим саперы Северо-Кавказского военного округа произвели проверку и разминирование трассы прокладки водного пути и полосы автогужевой дороги Красноармейск — Калач шириной в 100 метров и длиной 110 километров. При этом строителей предупредили, что и на разминированной территории при работах по выемке грунта могут в отдельных местах встречаться заглублённые в грунт неразорвавшиеся боеприпасы, для обезвреживания которых необходимо вызывать специалистов.
В целях совершенствования руководства проводившимися работами приказом МВД от 14 января 1949 года в составе Волгодонстроя организовали два стройуправления с исправительно-трудовыми лагерями: Волго-Донского соединительного канала и Цимлянского гидроузла, начальниками которых были назначены генерал‑майоры Шамарин А.В. и Горшков А.П., соответственно.
15 января 1949 года Сталин И.В. подписал постановление Совмина СССР «О механизации трудоёмких и тяжёлых работ на Волгодонстрое», где, в частности, было записано: «Совет Министров СССР считает, что строительство канала Волго-Донского водного пути с гидростанцией мощностью 160 тыс. киловатт и ирригационной системой должно быть осуществлено наиболее передовыми, механизированными способами с применением современных высокопроизводительных землеройных, строительных, транспортных и погрузочно-разгрузочных машин и механизмов.
Машиностроительные министерства должны в кратчайшие сроки создать и освоить производством все необходимые новые мощные машины и механизмы для полной механизации работ Волгодонстроя с тем, чтобы опыт производства нового оборудования был использован для дальнейшей механизации работ на строительствах крупных каналов, гидростанций и ирригационных систем.
МВД СССР должно организовать строительство на высоком техническом уровне, полностью использовать всё оборудование для механизации и за счёт этого сократить потребность рабочих не менее чем в 2 раза по сравнению с фактически имевшимся, а также повысить выработку строительных рабочих не менее чем в 2,5 раза против уровня, достигнутого ранее на строительстве канала имени Москвы». Уровни механизации основных работ правительство установило следующие: земляные работы — 97 %; приготовление и транспортировка бетона — 100 %; укладка бетона — 98 %; добыча бутового камня — 100 %; добыча камня и дробление его в щебень — 100 %; добыча гравия и песка — 100 %; забивка свай и монтаж металлоконструкций — 99 %; строительство жилых и промышленных зданий — 90 %; крепление откосов и дна канала железобетонными плитами — 50 %.