В ту пору в работе молодого конструктора произошла важная перемена, инициатором которой был Шавырин. Уже отмеченный званием Героя Социалистического Труда за выдающийся вклад в развитие отечественного миномётостроения, Борис Иванович однажды попросил Непобедимого зайти к нему для беседы. Разговор главный конструктор начал с напоминания, что Сергей в МВТУ защищал диплом по ракетной тематике. Но, вспомнив об этом, Шавырин быстро перевёл диалог в другую плоскость. Он оговорился, что всё, что им будет сейчас сказано, скрыто завесой секретности. А смысл его обращения к Сергею в том, что он, Шавырин, хочет поручить инженеру-конструктору Непобедимому специальную работу.
Дело было в том, что после окончания войны в руках советской военной администрации в оккупированной части Германии оказалось немало материалов по ракетной тематике. Значительная их часть после перевода и «просеивания» была передана в СКБ для дальнейшего изучения и анализа. Кроме того, в сейфе главного конструктора были и совсекретные записки по ракетной тематике советских институтов и КБ. Словом, перед Непобедимым была поставлена задача – изучить имеющиеся материалы и подытожить весь опыт применения ракетного оружия за время войны у нас и у поверженного противника с прицелом на возможное развитие такого вида вооружений в ближайшем будущем. Отчёт должен был в сжатые сроки оказаться на столе руководства.
Даже внутри СКБ мало кто знал, над чем начал работать молодой конструктор Непобедимый. Ему была выделена отдельная комната, где он вчитывался во многие документы, делал из них необходимые выписки. Некоторые тексты были на немецком языке. Однако Сергей Павлович вспоминал, что тогда его вузовских познаний хватало, чтобы бегло читать, понимать и даже говорить по-немецки, что, безусловно, помогало в порученном деле. В отведённые сроки он работу закончил и сдал отчёт главному конструктору. Потом выяснилось, что этот труд внимательно прочитали в отделе промышленности вооружения ЦК ВКП(б), куда его вскоре и пригласили для беседы.
Его принял заведующий отделом И. Д. Сербин, который без обиняков, дав положительную оценку отчёту, предложил Непобедимому поехать в Германию и присоединиться к работающим там советским специалистам по ракетной тематике – помогать им и самому набираться полезного опыта. Однако от прямого ответа здесь же Сергей Непобедимый ушёл. Спустя годы он объяснил свою позицию тем простым соображением, что конструктором был тогда начинающим, что для проникновения в тонкости этой профессии нужно время. А участие в очень важной работе в Германии, даже притом что там был его преподаватель Ю. А. Победоносцев, он считал преждевременным. Для себя Сергей решил – надо самому стать хорошим конструктором, чтобы потом квалифицированно оценивать труды и разработки других технических специалистов.
В общем, в Германию Сергей Непобедимый не поехал. А внутри предприятия он перешёл в другой отдел, руководимый Н. Д. Тощевым. И уже в ранге руководителя группы конструкторов возглавил поиск технических решений для создания бомбомёта для нужд Военно-морского флота страны. Их изделие – бомбомёт БМБ-2 с калибром ствола 433 мм – в достаточно короткие сроки прошло путь от эскиза и чертежей до серийного производства и постановки на вооружение. Эта штуковина потому и называлась бомбомётом, что выбрасывала бомбу со 135 килограммами взрывчатки на 120 метров, и она на заданной глубине взрывалась на горе вражеской подлодке, которая могла бы оказаться в этом месте.
В конце жизни Сергей Павлович не раз возвращался мыслями в свою молодую пору послевоенных лет. Не так много тогда понадобилось времени, чтобы убедиться – ему повезло работать в таком сообществе высококлассных инженеров-конструкторов. Разумеется, здесь было установлено немало ограничений в повседневной деятельности сотрудников, которых требовал режим секретности. Непобедимый не раз вспоминал об этой привычной для того периода стороне их жизни. Во всех помещениях на стенах немало было плакатов, взывающих к сохранению гостайны. Особенно помнилось ему лицо нахмуренной женщины с указательным пальцем на губах и с надписью «Не болтай!» – знаменитый плакат художницы Нины Ватолиной. Каково же было его удивление в более поздние времена, когда он узнал, что автор этого плаката родилась в Коломне и что во взыскующем взгляде строгой гражданки есть немало от самой художницы.
Впрочем, несмотря на атмосферу всеобъемлющей секретности в работе, внутренние взаимоотношения между сотрудниками КБ, что особенно подчёркивал Сергей Павлович, всегда несли в себе многие признаки демократизма и взаимоподдержки. Когда речь шла о конкретных делах, нижестоящий сотрудник вполне мог говорить и высказывать свое мнение по существу проблемы, настаивать на нём, даже если оно не совпадало с мнением руководителя. Но тут порой обнаруживалась тонкая грань. При выходе за пределы узкоспециальных вопросов технического свойства эта пограничная черта между демократизмом и автократизмом имела порой свойство изгибаться или вовсе исчезать – увы, не в пользу подчинённого.