Впрочем, не всегда гнев властей направлялся по верному адресу. Когда в 1831 году Давыдов получил кафедру российской словесности и приступил к чтению лекций, студенты встретили опального профессора рукоплесканиями, но скоро наступило разочарование. Давыдов поражал корыстолюбием и раболепством. Студенты ославили его в стихах, которые начинались словами: «Подлец по сердцу и цз видов…» Научный уровень его лекций был крайне низок, он внушал слушателям, что о великих людях поэты пишут длинными стихами, ибо воображают их большого роста. Строганов обрушился на Давыдова понапрасну, в невежестве своем не уразумев, что университетский лектор читал «по Шеллингу», немецкому философу, для умов безвредному. Шеллинг в те годы жил в Эрлангене, затем в Мюнхене, московские гонения на философию его не тревожили. Невинно пострадавший Давыдов затаил обиду и, когда Строганов стал попечителем, примкнул, естественно, к уваровской партии, которую составляли старые профессора — Перевощиков, Спасский, Снегирев, Шевырев, Погодин. Они привыкли быть под началом Уварова и не ждали от Строганова добра. Другие старые профессора — Болдырев, Каченовский, Брашман, Альфонский, Фишер фон Вальдгейм, Щуровский, Морошкин — отнеслись к попечителю равнодушно. Погромы не забываются.
Строганову, чтобы утвердиться в университете, нужно было его обновить. Труд предстоял нелегкий, но попечитель был человек решительный. В несколько лет университет изменился. В нем стали преподавать Крюков, Редкин, Чивилев, Грановский, Крылов, Печерин, Баршев, Анке, Иноземцев, Армфельд, Филомафитский, Лешков, Драшусов — ученые молодые и талантливые. Попечитель покровительствовал молодым профессорам, исподволь стремился подчинить их своему влиянию, и они вскоре составили в университете новую, строгановскую партию, поначалу немногочисленную. Умный консерватор не торопился, он умел ждать, умел показать себя в выгодном свете, приласкать. Он не походил на николаевских сановников, не терпел лакейства, был способен запретить статью, где верноподданнические чувства отдавали передней. Редкая независимость, брезгливое отношение к уваровским интригам, доступность, которую так легко спутать с демократизмом, вводили в заблуждение людей очень, по-видимому, проницательных. Герцен, к примеру, полагал, что Строганов «хотел поднять университет в глазах государя, отстаивал его права, защищал студентов от полицейских набегов и был либерален, насколько можно быть либеральным, нося на плечах генерал-адъютантский «наш» с палочкой внутри и будучи смиренным обладателем строгановского майората».
Между тем даже и по скромным меркам николаевского времени Строганов не был либерален ни по убеждениям, ни по образу действий. После неловкой истории с шеллинговой философией он, правда, приучил себя к сдержанности, усвоил, что в делах науки и просвещения поспешность необязательна, что начальственное дозволение действует на робкую русскую публику пуще всех запретов, что деньги на либеральный профессорский журнал можно обещать, не опасаясь последствий, — препятствия к его изданию найдут сами профессора. Либеральной славы Строганов не искал, был выше пустой молвы, и не его вина, что в России выдержка, административный навык и европейский лоск почти всегда принимались за свободомыслие, а умеренное использование генеральского окрика — за либерализм.
Константин Аксаков, впервые увидевший попечителя на одной из последних перед выпуском лекций, назвал его провозвестником «нового порядка» в университете. Отзыв лестный, если бы не аксаковское уточнение: «Хотя эпоха строгановская была эпоха очень, по-видимому, либеральная, но тем не менее внешность, а еще более аристократичность, принесли свое зло». Сказано точно. Аксаков пояснил: «В наше время профессорское слово было часто бедно, но студентская жизнь и умственная деятельность, неразрывно с нею связанная, не были подавлены форменностью и приносили добрые плоды. В последующее время, со стороны профессоров, слово, быть может, стало вообще ученее и умнее, но зато студентская жизнь и весь университет подчинились влиянию форменности. Студенты скоро начали увлекаться прелестью светской пустоты и приличными манерами. Внешность, несмотря на всевозможное свое изящество, или лучше — тем сильнее, проникает в живую душу и оцепеняет внутреннюю и всю духовную, единственно нужную сторону человека».