Здесь надо упомянуть о том, что было в это время с Н. А. Володимировой: некто Костя обещал Елене Александровне взять ее к себе в деревню, но не взял. Несчастная старуха оказалась покинутой и без средств к существованию, она была совершенно безпомощной, не умея даже печь растопить и готовить пищу. Елена Александровна была вынуждена взять ее в Киев и в конце концов, по общему совету, решила ее отправить с провожатой к дочери в Ленинград. Характерное письмо этой дочери к Сергею Сергеевичу Нилусу, ее полубрату, который находился в Польше: «Еленище, — так она оскорбительно называет добрейшую Елену Александровну, — исполнила, наконец, свою месть… послать маму теперь к нам я считаю подлостью!» У этой дочери, женщины работоспособной, работали муж и сын. Зять объявил, что тещу выгонит на улицу и на деньги, присланные родственниками Елены Александровны из-за границы, пришлось старуху вернуть обратно в Киев.
21 сентября 1925 года Нилусы еще находились в Киеве и сообщали о том, что им пришлось выписать обратно Наталию Афанасьевну, так как ее зять грозил «принять самые грубые меры». Вскоре после этого письма произошел второй арест Сергея Александровича и отправка его в Москву. В письме из Москвы 21 октября Елена Александровна пишет: Я нашла здесь сразу, в какое учебное заведение перевели моего мальчика, и теперь уже могла ему передать белье и гостинцы, но приема еще нет: это так всегда бывает сначала. Насчет экзамена еще неизвестно ничего. Хожу к учебному начальству, чтобы все узнать, пока еще безплодно. 19 ноября Елена Александровна встретила Владимира Карловича Саблера и была рада его видеть. Только в письме от 26 февраля 1926 года Елена Александровна, наконец, сообщает об освобождении мужа.
Относительно пребывания Нилуса в тюрьме на Лубянке до нас дошли сведения, во-первых, от одной американки, которая ездила в СССР и вернулась сама на себя не похожая от страха и всего виденного там. Во-вторых, от приехавших после войны ДИ ПИ. Пребывание Сергея Александровича в тюрьме было очень тяжелым. Его сажали в чулан, где нечем было дышать, и он в виде протеста отказывался от пищи. Власти по своим особым соображениям не желали его расстрелять, желая, чтобы он умер естественной смертью. Под конец постановили его выпустить. Елена Александровна до глубокой ночи стояла на дворе с шубой, но не дождалась. Только посреди ночи ему разрешили уйти. Сергей Александрович потребовал письменное разрешение. Ему выдали таковое и выпустили на улицу. Но, как известно, на крыше стояли пулеметы, и его бы убили, если бы он пошел вдоль тюремных стен. В это время ехал мимо извозчик. «Братец, — крикнул ему Нилус, — провези меня через пару кварталов. Меня выпустили из тюрьмы, денег у меня нет». Извозчик его посадил и безплатно довез туда, где жила Елена Александровна. Ехавший без шубы С. А. не простудился.
Вначале Е. А. писала из Москвы, что им не разрешают уехать. Жить им приходилось в разных местах врозь, пользуясь для сообщения трамваями. Под конец им удалось поселиться вместе, но жили они у кого-то в столовой, где постоянно сидели хозяйские и их собственные гости. Лестница там была без перил и такая скользкая, что Сергей Александрович упал и повредил руку. Сама Елена Александровна поломала руку, когда ездила в Дмитров к своей сестре, игумении Софии. Всё это из-за гололедицы. Наконец, в письме от 6-го апреля 1926 года Елена Александровна пишет: Нам приходится сегодня уезжать. Доктора позволили девочке уехать куда угодно, но не оставаться здесь. Выбрали г. Кролевец, Черниговской губ., куда нас зовет очень хороший друг протоиерея о. И. В. Здесь, в Москве, оставляем много друзей, чудных людей, которые больной девочке очень сочувствовали, пока она болела и также, когда она, слава Богу, поправилась.
Приехав в Кролевец, Нилусы узнали, что им нужно заявиться в НКВД в Чернигове. По дороге туда, они застряли на 16 часов в Нежине. Там пошли в церковь и местный протоиерей — настоятель храма, пригласил их к себе в дом и дал им письмо к своим детям в Чернигове. Эти дети оказались милейшими людьми и приняли их, как близких родных. Оказалось, что их брат, молодой священник, давно, еще в Киеве, приглашал Нилусов жить к себе, но они потеряли его адрес. Он жил тут же в 12-ти верстах.