Боевые действия в Чечне приобрели качественно новый характер. Федеральной группировке удалось продвинуться глубоко в горы и по ущельям и сопкам подняться в районы, где, по утверждению командования «вооруженных сил Ичкерии», войска не смогут вести боевые действия, так как горные условия идеальны для обороны, и большие потери среди военнослужащих неизбежны.
Даже средства массовой информации стали менять тон и направленность своих сообщений о событиях в Чечне в пользу федеральных войск. В частности, сообщалось о способности федеральной авиации наносить точечные удары (так были уничтожены здания особого отдела, военной комендатуры, дом Ш. Басаева и главный штаб дудаевского командования в Ведено); о реальном соотношении потерь в ходе «горной войны»; об успехах федеральных войск, что безусловно сказывалось на подъеме боевого духа военнослужащих Объединенной группировки.
После падения Ведено 3 июня главный пункт управления незаконных вооруженных формирований был перебазирован в горный поселок Кири. Заботясь о пополнении, боевики наращивали боевую подготовку. В районе озера Валончег был обнаружен учебный центр незаконных вооруженных формирований, в котором в начале июня 1995 года проходили обучение минновзрывному делу специальные диверсионно-разведывательные группы. Еще один учебный центр дудаевцев со стрельбищем был обнаружен в районе поселка Мехкеты.
В 7–9 километрах от Ведено боевики в спешном порядке создали новые опорные пункты, повсеместно минировались дороги, мосты, участки местности. На ряде направлений были созданы фортификационные сооружения (в частности, на гребне хребта Керкендук и восточное населенного пункта Халу ни).
В этот период проводились мероприятия по усилению группировки федеральных войск в Чечне и во всем Северо-Кавказском регионе. Так, 1 июня завершилось формирование 58 армии СКВО, дислоцированной в Чечне и по ее границам.
В связи с продвижением федеральных войск к границам Грузии встал вопрос об охране участка российской государственной границы между Чечней и Грузией, протяженностью 88 километров. Полный контроль на данном участке границы пограничники планировали установить после того, как будет завершено разоружение боевиков и федеральные войска выйдут на пограничные с Грузией рубежи. Предполагалось первоначально организовать охрану этого участка по временной схеме пограничниками введенной для этого в Чечню пограничной тактической группы, в состав которой входили: отдельная комендатура, мотоманевренная группа, группы разминирования, узел связи, подразделения материально-технического обеспечения, группа медицинского усиления. До этого чеченский участок границы по договоренности с российской стороной охраняли грузинские пограничники, которые на своей территории развернули две пограничные комендатуры, погранотряд и восемь застав.
После того как войска установили контроль над стратегически важным пунктом Ведено, группировка дудаевцев оказалась разрезанной на две части: шатойскую и ножайт-юртовскую. Именно на этих двух направлениях развернулись ожесточенные бои в начале июня 1995 года. Так, только за 5 июня боевики потеряли 45 человек убитыми. Потери федеральных войск в этот день составили четверо погибших и 14 раненых. Боевые действия велись в районе населенных пунктов Агишты, Сержень-Юрт, Бамут, Орехово, Старый Ачхой, Ярыш-Марды. Повсеместно отмечалась несогласованность действий боевиков на востоке Чечни, что объясняется потерей дудаевцами общего руководства и контроля за обстановкой. В то же время командованием Объединенной группировки войск отмечалось, что с начала июня «со стороны отдельных групп боевиков стал проявляться интерес к вопросу о предоставлении юридических гарантий и амнистирования в связи с добровольной сдачей оружия».
В частности, сотрудники Управления уголовного розыска МВД Чечни и представители Комитета национального согласия провели операцию по разоружению боевиков в горных районах между селениями Алхазурово и Бамут, в результате которой до 400 боевиков добровольно прекратили сопротивление и возвратились в селения Ачхой-Мартановского и Наурского районов. При этом дудаевцы сдали самоходную артиллерийскую установку, крупнокалиберный пулемет, 26 гранатометов, 510 снарядов, 181 самодельное взрывное устройство, 50 килограммов взрывчатых веществ, а также несколько десятков автоматов, винтовок и пистолетов.
Вечером 11 июня командование федеральных войск высадило северо-восточнее Шатоя тактический воздушный десант, в составе которого были подразделения 7 воздушно-десантной дивизии. Они перекрыли возможные пути подхода боевиков. 13 июня к Шатою выдвинулись подразделения 324 мсп (с севера) и 245 мсп (с востока). К вечеру 13 июня Шатой был полностью блокирован. Осознав бесполезность сопротивления, боевики оставили населенный пункт.
По словам командующего войсками СКВО генерала А. Квашнина, в ходе штурма Шатоя федеральные войска не допустили разрушений.