После завершения армейской операции в районе Шатоя начали действовать подразделения МВД, так как в горах остались разрозненные группы наемников и боевиков. 14 июня, сломив сопротивление незаконных вооруженных формирований, подразделения отдельной дивизии оперативного назначения ВВ МВД России после предварительного захвата господствующих высот овладели Ножайт-Юртом. До 60 процентов боевиков, принимавших участие в боях на ножайт-юртовском направлении, составляли наемники. Среди них были представители северокавказских республик в составе России и иностранные граждане.
При штурме Шатоя и Ножайт-Юрта 13 и 14 июня потери федеральных войск составили 6 человек погибшими и 18 — ранеными. Потери бандформирований: 70 — убитыми, около 300 — ранеными.
14 июня над Шатоем был поднят Российский флаг. Этот населенный пункт стал последним из двенадцати районных центров Чечни, освобожденных федеральными войсками. К этому времени более 80 процентов территории Чеченской Республики находилось под контролем федеральных войск.
С падением Шатоя завершилась последняя фаза «горной войны», что означало полное выполнение замысла командования Объединенной группировки войск по восстановлению конституционного порядка на территории Чечни в военном аспекте и соответствовало окончанию широкомасштабных боевых действий.
Возникновение для незаконных вооруженных формирований реальной угрозы полного разгрома подталкивало их руководителей к переговорам с федеральными властями. 9 июня А. Масхадов направил записку командующему 58 армией генералу А. Трошеву с просьбой к федеральному командованию организовать встречу для проведения переговоров. К 15 июня такая встреча была организована.
Период весны — начала лета 1995 года был наиболее успешным в действиях федеральных войск за все предыдущее и последующее время вооруженного конфликта в Чечне. Потери среди военнослужащих были незначительные. Войска умело подавляли основные очаги сопротивления дудаевцев и добились над ними полной победы в «горной войне».
Теперь основной задачей армейских подразделений и подразделений ВВ МВД стала ликвидация разрозненных отрядов незаконных вооруженных формирований в горах, в районах населенных пунктов Дарго и Беной, а также в приграничных с Дагестаном южных районах. Кроме того, боевики резко активизировались в районе «бамутского треугольника» (Бамут-Орехово-Старый Ачхой) и в горных лесных массивах на юге Чечни.
Целостное управление бандформированиями было нарушено. Понеся значительные потери, дудаевцы оказались на грани полного разгрома. Сложилась благоприятная ситуация для ведения переговоров с руководством боевиков, и 15 июня состоялась встреча с Масхадовым представительной федеральной делегации в составе Керимова, Зорина, Месароша и Пелена.
Операция «Аргун»
Операция «Аргун», проведённая российской армией зимой 1999–2000 года, практически неизвестна публике. Трупы горами не громоздились, а победителям достались безымянные вершины и несколько забытых богом посёлков. Но это было важное событие, серьёзно повлиявшее на ход войны в Чечне.
В ноябре и декабре 1999 года российские войска медленно пробивались по чеченской равнине к Грозному. Аргун, Гудермес, Шали и прочие городки, названия которых страна успела выучить наизусть, снова вернулись в сводки. Как и в первую войну, «шверпунктом» кампании считался Грозный. Однако в этот раз российские военные намного больше внимания уделили работе на перспективу. Чечню с трёх сторон окружает российская территория. Но оставалась южная граница с Грузией, которую русские не могли контролировать. Это примерно 60 км по прямой и около 80 км — со всеми изгибами. В контексте войны наибольшее значение имело ущелье, по дну которого протекает река Аргун. Места дивно живописные, но главное здесь, конечно, не пейзажи, а дорога, ведущая из Чечни на юг. Это, мягко говоря, не автобан, но пройти здесь вполне можно. Горные тропы вдоль границы — хуже, но и там возможно было и протащить боеприпасы с оружием, и провести банду в десятки штыков. Перейдя грузинскую границу, боевики могли рассчитывать на местный чеченский анклав, а вот русские устраивать крупные операции в Грузии, естественно, не могли.
Грузинские пограничники перекрыть всю эту линию не могли, даже если бы захотели. Её русские-то погранцы позднее контролировали с трудом, при несравнимо лучшем оснащении, и отряды боевиков, в том числе крупные, иной раз пробирались туда-сюда. К тому же служебному рвению у бойцов Сакартвело неоткуда было взяться — героически погибнуть на чужой войне, сражаясь против каких-нибудь гелаевцев, им, понятно, не улыбалось.