Генерал Жан-Батист Клебер, с которым Ренье был очень дружен, призвал его в Каир. Он командовал левым крылом французской армии в сражении при Гелиополисе и штурмом деревни Матариех решил победу. Преследуя неприятеля, дивизия Ренье храбро сражалась при Кораине, участвовала в повторном взятии Каира, и по сдаче сего города эскортировала турецкий гарнизон в Александрию.
Убийство Клебера, случившееся 14 июня 1800 года, имело весьма несчастные последствия для французов, в особенности же для Ренье, который после Жака-Франсуа Мену был старшим генералом в армии. Зная неспособность Мену занять место главнокомандующего и нерасположение к нему войск, Ренье хотя и повиновался его власти и неуместным распоряжениям, но делал частые замечания и возражения, и этим навлек на себя его ненависть и гонение.
Армия без всякой пользы разбросанная по разным местам, нуждалась в деньгах и припасах. Наконец было получено известие, что 8 марта 1801 года в Абукире высадилась англо-турецкая армия, и что генерал Фриан, находившийся там с весьма слабым отрядом, не смог тому воспрепятствовать. Ренье старался побудить Мену к быстрым и решительным действиям, но главнокомандующий не слушал его, и дела приняли дурной оборот.
Французская армия напала 21 марта на укрепленный лагерь англичан, расположившихся близ Александрии, но была отражена с большим уроном. Солдаты начали роптать, требовать смены Мену генералом Ренье, и этим побудили главнокомандующего, в ночь с 13 на 14 мая, арестовать своего соперника и отправить его, вместе с некоторыми другими офицерами, во Францию.
Бриг «Лоди», на котором находился Ренье, благополучно избежав встречи с британскими кораблями, прибыл 28 июня в Ниццу. Наполеон Бонапарт принял Ренье весьма холодно, но предоставил ему право оправдаться напечатанием своих записок.
Несколько лет Ренье жил в уединении, посвятив свои занятия наукам, но в конце 1805 года ему было поручено командование дивизией в армии, с которой Жозеф, старший брат Наполеона, совершил поход в Неаполитанское королевство. 12 февраля 1806 года Ренье осадил крепость Гаэту и взял штурмом редут Святого Андрея. Впоследствии ему было поручено усмирение восстания в Калабрии. Восставшие были разбиты, а остатки Неаполитанской армии отправились на Сицилию. Калабрия покорилась, и в апреле Жозеф Бонапарт занял неаполитанский престол.
Но положение дел скоро изменилось. В начале июля 1806 года 9000 англичан и сицилийцев под командой генерала Стюарта высадились в Калабрии, и к ним присоединились 4000 тамошних жителей. Ренье тщетно просил подкрепления, и чтобы не дать восстанию распространиться, решился подавить его одним ударом.
Собрав свою дивизию, он 4 июля атаковал неприятеля на месте его высадки, но был отброшен с большим уроном и вынужден оставить Калабрию. После весьма тяжелого отступления дивизия Ренье соединилась при Морано с корпусом маршала Массены. Война продолжалась еще более года, даже после возвращения англичан на Сицилию. 27 мая 1807 года Ренье одержал при Милето победу над принцем Гессен-Филиппстальским. Крепости Кротона, Силла и Реджио капитулировали, и кампания в Калабрии была завершена.
Затем Ренье было поручено главное начальство над войсками в Неаполе, и он стал военным и морским министром нового короля, которым Наполеон назначил маршала Мюрата.
В кампании 1809 года против Австрии Ренье отличился в сражении при Ваграме, затем прибыл в Вену и был сделан начальником саксонского корпуса, находившегося в Венгрии.
Затем Ренье был послан в Испанию, где в 1810 году командовал 2-м корпусом Португальской армии, под предводительством Андре Массены. Он участвовал в сражениях при Сьюдад-Родриго, Алмейде, Бусако и Сорбале, а в 1811 году, во время отступления Массены в Испанию, следовал отдельно от прочего войска. После многих довольно удачных дел с неприятелем, превышавшим его численностью, корпус Ренье соединился вновь с главной армией, и в битве при Фуэнтес-де-Оньоро, 5 мая, сражался с отличной храбростью, возглавляя правый фланг французов.
23 января 1812 года Ренье был отозван из Испании и 3 марта назначен командиром 7-го корпуса Великой армии, состоявшего из 20 000 саксонцев и французской дивизии генерала Дюрютта.
30 июня 1812 года его корпус перешел на русский берег Немана у Гродно. Задача корпуса состояла в удерживании в Литве и на Волыни наступательных действий русской 3-й Западной армии под начальством генерала А. П. Тормасова.
Тотчас после открытия военных действий, 15 июля, саксонская бригада генерала Кленгеля была взята в плен при Кобрине. Ренье форсированным маршем попытался прийти на помощь Кленгелю, но опоздал и отступил на Слоним. Это побудило Наполеона усилить саксонцев австрийцами и подчинить Ренье начальству князя Шварценберга. Оба они одержали верх над Тормасовым при Городечне, но, когда в сентябре прибытие адмирала П. В. Чичагова усилило русскую армию до 60 000 человек, австрийско-саксонский корпус вынужден был удалиться за Буг.