Со своей Пелагеей он прожил душа в душу долгую жизнь и, оставшись без нее, несмотря на то, что был окружен любовью и заботой домашних, чувствовал себя сиротой. Старец еще в ту пору замыслил удалиться в пустынь. При каждой встрече с Маркелом он снова и снова заводил разговор об уединении. И наставник сдался, внял уговорам и благословил на отшельничество, тем более что Никодим обещал не отгораживаться от братии и продолжать лечить и наставлять их при нужде.
За три дня Никодим с Елисеем и соседом Проклом сладили лачугу с двумя окошками у подножья Северного хребта на горном ключе под серой, покрытой пятнами лишайника скалой. Переезд же затеяли в самое предзимье, когда злой ветер-листодер срывал с деревьев остатки ярких осенних нарядов. Место нового проживания называлось Верхи. Находилось оно не так уж и далеко - всего в трех верстах от скита.
Жилище свое Никодим держал в чистоте и опрятности. Половину стены его обители заняли полки с книгами старинного письма из библиотеки князя Константина, отобранные для общины еще старцем Варлаамом, а вторая половина была заставлена его собственными рукописями и черновиками.
Здесь, в пустыни, Никодим, для пользы дела стал еще больше внимания уделять наблюдениям за явлениями природы. Ничто не ускользало от его пристального взора и слуха, а великолепная память, подкрепленная записями в черновых бумагах, позволяла сопоставлять и осмысливать все виденное и слышанное, делать верные умозаключения о последствиях каждого явления. Отшельник с каждым годом все точнее и точнее определял, каким будут лето, осень, зима, что лучше сажать по весне и когда, какой ожидать урожай; куда откочуют олени, удачен ли будет сезон на пушнину, какие ловушки будут уловистей.
Для усмирения плоти старец неделями воздерживался от пищи, ходил босым, зимой и летом в одном рубище. Со временем он так овладел собой, что, сидя на ледяном ветру, не мерз, а напротив, сосредоточившись, добивался такого состояния, при котором ему становилось жарко. В скиту, где его изрядно почитали, стали поговаривать, что сие доступно только святым.
Скитожители хаживали к нему: кто за советом, кто поплакаться, кто за снадобьями, а кто просто порассуждать о жизни, о Боге. Он привечал всякого с неизменной улыбкой и вниманием. Но самым желанным гостем для него был, конечно, внук Корнейка.
Никодим не жалел времени его воспитанию и просвещению, ибо давно пришел к твердому убеждению, что нет важнее дела, чем растить милых сердцу чад так, чтобы они жили в любви, по заповедям Христа и беззаветной преданности истинному православию.
Корнейка относился к деду с детским обожанием, считая его самым добрым, самым мудрым человеком на земле.
Поначалу, пока внук был желторотым птенцом, дед подробно рассказывал ему об их великом переходе через всю Сибирь, о жизни в Байкальском скиту, читал вслух предания старины. Слушая, малыш любил трогать медные и серебряные пластины накладок дорогих книг и напрестольного Евангелия, разглядывать темные кожаные переплеты, вдыхать ни на что не похожий, особый запах пергамента.
Когда Корней немного подрос, Никодим и живший тогда еще у них Горбун, стали беседовать с мальчиком о Боге, рассказывать о мученической смерти Христа, его заповедях, о христопродавцах, поднявших руку на веками проверенную и богоугодную русскую обрядность, третье столетие гонимую и попираемую. Читали ему вслух книги Священного Писания Ветхого и Нового Заветов, несшие в себе Слово Божье.
- Мир донельзя изалчился, сынок. Бога в людях не стало. О душе забыли. Совесть потеряли. Помни: все бренно - и плоть и творения людские. Одна лишь душа бессмертна. Держи ее в чистоте, не пятнай, чтоб не гореть ей потом за грехи в аду, а вечно блаженствовать в Царствии небесном.
- Вот бы глянуть хоть одним глазком на то Царствие.
- Сие в земной жизни не исполнимо, но ежели твое житие будет по совести, по Христовым заповедям, то Господь, по завершении земного пути, может допустить в него.
Азбучке Никодим начал обучать внука сызмальства, когда ему едва стукнуло четыре года. Чтобы заслужить похвалу деда, мальчонка усердно водил пальцем по страничкам, пытаясь сложить из букв слова. Но не только кровные узы, а и простота, сердечность отношений, взаимная потребность друг в друге способствовали их необыкновенной привязанности.
Когда Никодим удалился в пустынь, Корней частенько ходил к нему помогать по хозяйству. Вместе с дедом готовил на зиму дрова, собирал орехи, ягоды, коренья, попутно познавая лекарскую науку. Зимой он, бывало, жил в дедовой хижине, заваленной снегом неделями. Что это за чудные дни были! Сколько полезного и интересного узнавал он общаясь с дедом!
В одно из посещений Корней принес резвого щенка по имени Простак. Дед радовался подарку как малое дитя.
- Спаси тебя Бог, Корнюша, угодил старику. Давно хотел собаку у себя поселить. Да все не досуг было щенка в скиту взять. Собака она ведь самое преданное существо и даром бескорыстной любви к человеку наделено щедро. Теперь мне повеселей будет.