В 1551 г. Стоглавый собор, рассуждая о тяжело больных нищих («прокаженных, и о клосных, и о престаревшихся, и по улицам в коробьех лежащих, и на телешках, и на санках возящих, и не имущих, где главы подклонити»), предложил организовать для них богадельни за государственный счет — «в каждом городе устроити богаделны, мужскии и женскии». Духовенство было готово взять на себя попечение о душах больных и заботу об их христианском погребении и поминовении. Реализация этой программы началась только в самом начале XVII в. В 1600 г. были «взяты изо Пскова к Москве из богадельны три старицы миряне, устраивати богадельны по псковскому благочинию». Одна из них была поставлена у храма Моисея Пророка в самом начале Тверской улицы, «а в ней нищие миряне» (в будущем — Моисеевский монастырь), другая — «против Пушечново двора, а в ней инокини», третья, на Кулишках, «а в ней нищие, женский пол».
И все же большинство нищих оставались предоставлены сами себе. Примерное число нищих на московских улицах можно представить по документам XVII в., уже после Смутного времени. Однако полагаю, что они вполне представительны и для рубежа XVI–XVII столетий. В 1655 г. патриарх Никон ходил в храм Василия Блаженного к обедне и раздал нищим рубль, 29 алтын и 4 деньги. Если считать обычной «таксой» 4 или 6 денег на человека (столько раздавали, например, на похоронах патриарха Иоасафа II в 1672 г.), то получается, что патриарх раздал милостыню более шести десяткам нищих, встреченным им на коротком отрезке пути от Патриаршего двора до храма Василия Блаженного. В 1667 г. патриарх вновь ходил к Василию Блаженному, и на этот раз раздал 13 рублей 17 алтын и 4 деньги. Раздача коснулась «успенских», «архангельских», «чудовских» и «покровских» нищих, сидевших соответственно у Успенского и Архангельского соборов, Чудова монастыря и собора Василия Блаженного, а также тех нищих, которые жили в патриаршей больнице. В 1677 г. в храмовый праздник Покрова Пресвятой Богородицы поход патриарха Иоакима в собор Василия Блаженного сопровождался раздачей милостыни не только нищим, но и колодникам, содержащимся в Большой тюрьме (3 рубля), на Земском дворе (1 рубль) и в нескольких приказах (всего — 2 рубля). Количество розданной милостыни существенно колеблется. Так, 23 июля 1655 г. патриарх Никон ходил к церкви Максима Исповедника на Варварке отпевать дьяка Дмитрия Васильева и раздал 10 алтын. 13 апреля 1675 г. патриарх Иоаким во время похода в Богоявленский монастырь раздал всего 4 алтына, а 10 июня того же года при тех же обстоятельствах — рубль (по 2 деньги на человека; итого — 100 нищим). В 1701 г., согласно указу Петра I, большинство московских нищих были определены в богадельни, где их насчитывалось 3–4 тысячи человек. Многим удалось от этого уклониться, и, видимо, общее число нищих в конце XVII — начале XVIII в. в Москве составляло около 5 тысяч человек. Вероятно, столетием раньше их было вдвое меньше, — считаем, что пропорционально количество нищих к основному числу горожан не изменилось, а число жителей Москвы на протяжении XVII в. выросло вдвое — от 100 до 200 тысяч.
Патриаршая и царская милость распространялась и на многочисленных «колодников» — заключенных, томившихся в московских тюрьмах. В русском уголовном праве, в отличие от западноевропейского, гораздо реже употреблялась смертная казнь, но гораздо чаще — пытки и физические наказания, вплоть до нанесения серьезных увечий. В ожидании своей очереди к палачу приговоренные томились в тюрьмах, а сердобольные москвичи навещали их, подавая денежную милостыню или продукты. В праздники и в дни радостных или печальных событий в царской семье колодники получали щедрую милостыню и угощение. Многим «для царской радости» или «по государьской скорби» даровалась свобода. Так, одним из первых указов царицы-инокини Александры, изданным 8 января 1598 г., был указ об освобождении колодников из тюрем по всему государству, который коснулся даже закоренелых преступников.