Однако среди воевод не было единства — «была у них под Москвой между собой рознь великая, и дело ратное не спорилось. И начали всей ратью говорить, чтоб выбрать одних начальников, кому ими владеть, а им бы их одних и слушать». Наконец, всей ратью выбрали в начальники ополчения П. П. Ляпунова, князя Д. Т. Трубецкого и И. М. Заруцкого. Объединенное руководство ополчения стремилось опереться не только на военные силы, но и на все слои населения Российского государства. Сохранившийся приговор Первого ополчения от 11 апреля 1611 г. касался не только военных, но и земских дел. Он указывает на постановления не только воевод, но и «совета всей земли» — земского совета выборных, облеченных всеобщим доверием представителей городов, уполномоченных решать вопросы денежных сборов, городового и земского устройства.
Вскоре воеводы отбили у поляков большую часть Белого города — в руках неприятеля остались только пять ворот. Ежедневно шли бои, и вскоре осажденные стали ощущать недостаток в припасах: «Рыцарству на Москве теснота великая, сидят в Китае и в Кремле в осаде, ворота все отняты, пить, есть нечево», — писали они в Смоленск. В ночь с 21 на 22 мая русские пошли на штурм Китай-города и захватили ворота Белого города, ранее удерживавшиеся поляками. Вскоре поляки и немецкие наемники, укрывавшиеся за стенами Новодевичьего монастыря, были принуждены сдаться. Гетман Сапега пытался оказать помощь соотечественникам, запертым в Кремле, но был отбит с большим уроном и отправился грабить северные земли.
Несмотря на то что ополчение добилось значительных военных успехов, его социальная неоднородность стала причиной внутреннего кризиса и в конечном итоге — распада. Программный документ Первого ополчения — приговор от 30 июня 1611 г., содержавший план государственного устройства и направленный на решение важнейших вопросов социальной и экономической жизни — от наделения служилых людей поместьями и до устройства приказов, указывал и на основные противоречия внутри ополчения. Приговор, составленный в кругу сподвижников Ляпунова — дворян, довольно жестко относился к казачеству. «Старым казакам», т. е. тем, кто еще до Смуты был признан в этом звании, определялось земельное или денежное жалованье, прочие элементы казачества даже не назывались в приговоре казаками, они именовались «холопи боярские». Отменялись «приставства», служившие формальным прикрытием казачьих грабежей. Приговор стремился поставить казачество на службу государству, ограничить казачьи свободы и своеволие, от которых уже порядком натерпелись все сословия Московского государства. Относительно бывших боярских холопов приговор подтвердил крепостнические правила сыска беглых конца XVI в.: «Надлежит по сыску крестьян и людей отдавать назад старым помещикам». И хотя о бывших крепостных, ушедших в казаки, в приговоре конкретно не говорилось, несомненно, что для казаков многие статьи приговора были неприемлемы.
Дворянство, в свою очередь, было недовольно своеволием и разбойничьими вылазками казаков. Желая остановить грабежи, Ляпунов распорядился «воров казаков имать (ловить. —
После смерти Ляпунова дворяне стали уходить из подмосковного лагеря, опасаясь притеснений и убийств со стороны казаков. Под Москвой остались те, кто вышел из Тушинского и Калужского станов и не боялся казачьих угроз. Командующим над ними остался князь Д. Т. Трубецкой. Господствующая роль в подмосковных «таборах» перешла к казакам Заруцкого. «На казаков» собирались «кормы» с городов и волостей, продолжали функционировать институты управления, созданные Первым ополчением, — Разрядный, Поместный, Печатный и другие приказы. И хотя внешне политика ополчения оставалась прежней, оно было серьезно ослаблено. Вина за раскол ополчения лежала на обеих сторонах конфликта. Определенное значение имели и Приговор от 30 июня 1611 г., и жестокие меры Ляпунова против казаков.