План вывода советских войск из Афганистана предусматривал сохранение здесь дружественного к СССР режима во главе с НДПА – Народно-демократической партией. Ее руководство, однако, пришлось изменить: было очевидно, что прежний лидер и президент Афганистана Бабрак Кармаль по многим причинам не в состоянии контролировать ситуацию в рядах партии и в рядах подчиненной ему новой афганской армии. По рекомендации как советского посольства в Кабуле, так и спецслужб Советский Союз поддержал выдвижение нового лидера – Наджибуллы, который в прежнем афганском руководстве возглавлял службы безопасности. Это был сильный и жесткий человек, который попытался реорганизовать все силовые структуры Афганистана, но также провозгласил политику национального примирения, пытаясь привлечь на свою сторону хотя бы часть моджахедов, в рядах которых не было единства. Бабрак Кармаль с небольшой группой близких ему лично людей уехал из Кабула в Москву. Наджибулле и подчиненным ему вооруженным подразделениям передавалось большое количество советского вооружения, а также финансовые средства. Были активизированы афгано-пакистанские переговоры, которые начались еще в 1982 г. в Женеве. Многое здесь зависело и от позиции США, так как именно из США шла главная военная и финансовая помощь почти всем группировкам моджахедов в Афганистане и в северных районах Пакистана. В окружении Р. Рейгана были политики, которые готовы были поддержать вывод советских войск из Афганистана в рамках более широкого улучшения отношений между США и СССР. Их называли иногда «улаживателями» («dealers»). Но были и более жесткие политики, которые считали выгодным для США и Запада удерживать советские войска в Афганистане как можно дольше. Их называли «кровопускателями» («bleeders»). Только в декабре 1987 г. после переговоров с М. Горбачевым Рональд Рейган не без колебаний принял точку зрения «улаживателей». В свою очередь, М. Горбачев заверил Р. Рейгана в готовности СССР начать вывод своих войск из Афганистана и принять все необходимые меры для политического урегулирования в самом Афганистане. С декабря 1987 г. до марта 1988 г. положение дел в Афганистане обсуждалось на Политбюро пять раз. Перед военным руководством СССР, а также перед руководством КГБ СССР была поставлена задача спланировать вывод советских войск, а также осуществить все меры по повышению боеспособности афганской армии. Афганской армии надо было обеспечить такие запасы материальных ресурсов, которые позволяли бы ей вести самостоятельные боевые действия после вывода советских войск. Были приняты меры и по укреплению советского «ограниченного контингента» войск в Афганистане. На пост командующего этого контингента, или 40-й армии, был назначен генерал-лейтенант Борис Всеволодович Громов. Он принял командование армией в июне 1987 г. и сразу же начал готовить план крупнейшей войсковой операции по выводу советских войск, которая в штабных документах получила кодовое наименование «Магистраль».
После сложных переговоров и с афганскими лидерами, и в Вашингтоне, которые проводились и дипломатами, и военными, Политбюро ЦК КПСС постановило начать вывод советских войск 15 мая 1988 г., а все остальное привязать к этой дате. Только недавно был впервые опубликован подробный оперативный план этой чрезвычайно сложной операции, который был разработан штабом генерала Б. Громова и утвержден его приказом по армии за № 042[94]
. Этот приказ был подписан 11 ноября 1987 г., а вскоре после этого начался отвод и советских, и афганских войск от границы с Пакистаном. Зимой с декабря 1987 по март 1988 г. советские войска отошли от границы с Пакистаном и сосредоточились в крупных гарнизонах. В течение нескольких месяцев шла подготовка как к выводу советских войск из Афганистана, так и к укреплению афганских войск техникой и кадрами: для афганских частей готовились экипажи танков, артиллерийские расчеты и др. С мая по август 1988 г. советские войска были выведены из западных и южных районов Афганистана. Затем был перерыв, а уже с 15 января по 15 февраля 1989 г. советские войска были выведены из Кабула и из центральных районов Афганистана. В военных кругах не без оснований считают эту масштабную операцию, которая прошла практически без потерь, одной из самых выдающихся военных операций подобного рода. Она была позднее подробно описана самим Б. Громовым в его книге «Ограниченный контингент» (М., 1994).