Греческий флот появился месяцем позже. Миаулис покинул Гидру 25 мая и 10-го увел с Псары флот в количестве 56 судов6. Три недели корабли крейсировали между этим островом и Хиосом, иногда подходя достаточно близко, чтобы спасти уцелевших в резне жителей, но не предпринимали никаких действий против турецкого флота. Только вечером 31 мая он повел группу из 15 военных кораблей и трех брандеров в канал Хиоса, оставив остальной флот рассредоточенным вокруг северного входа. Турецкие корабли – 6 линкоров, 9 или 10 фрегатов и около 30 судов меньших размеров – сразу снялись с якорей и смогли избежать встречи с брандерами. Имела место перестрелка, и один брандер был израсходован раньше, чем греки ушли на север, преследуемые турками. Миаулис вернулся к Псаре, а турки – на свою якорную стоянку вблизи города Хиос.
Ночью 18 июня греки совершили вторую атаку двумя брандерами, на этот раз успешную. Первый – им командовал Константин Канарис с Псары – навалился на борт флагмана Кара Али, 84-пушечный линкор «Мансур эль лива»7, где элита турецкого офицерства праздновала канун Байрама. Поскольку бушприт брандера фактически проник сквозь орудийный порт, от него уже нельзя было избавиться и турецкий корабль был быстро уничтожен. Кара Али был смертельно ранен упавшей мачтой. Утверждают, что было убито или утонуло более двух тысяч человек. Второй брандер атаковал флагман контр-адмирала и сильно повредил корабль, хотя и не уничтожил его. Уцелевшие турецкие корабли разошлись в разных направлениях, но 22-го собрались у Митилены. По словам французского офицера, для их полного уничтожения нужно было всего лишь присутствие части греческого флота и еще несколько брандеров. Миаулис не отходил от Псары до 21-го, а к этому времени враг уже пришел в себя. Намеченная на 27-е очередная брандерная атака не состоялась из-за плохой погоды, и Миаулис сумел только 29-го на ходу обстрелять крепость Хиоса. На следующий день он вернулся на Псару и оставался там до 5 июля, когда отплыл на Тенедос. Но там выяснилось, что турки 2-го вошли в Дарданеллы. Греческий флот оставался в этих водах еще две недели, после чего корабли разошлись по своим портам.
Через три дня после успеха на Хиосе у греков был еще один, имевший по крайней мере моральное значение, – капитуляция турецкого гарнизона в афинском Акрополе. А 30 июня турки в Навплии согласились капитулировать через двадцать пять дней, если до этого к ним никто не придет на помощь. Условие было выдвинуто из-за знания, что турецкая армия вот-вот двинется из Лариссы на юг. К середине июля эта армия под предводительством Мухаммеда Али – обычно его называют Драмали-паша – снова захватила Афины вместе с Акрополем и дошла до Коринфа. Затем, не подумав о коммуникациях и припасах, Драмали-паша повел свою армию к Навплию (Нафплиону), почти не встречая сопротивления, и остановился, лишь обнаружив хорошо укрепленную крепость Аргос. Турецкий флот, который снова вышел из Дарданелл 12 июля и сразу пополнился у Хиоса египетским контингентом, должен был встретить его в Навплии, но по неизвестной причине 29 июля миновал это место и проследовал дальше к Патрам. В результате Драмали оказался в сложной ситуации и был вынужден отступить. Но только на этот раз все дороги и перевалы удерживали греки, и только после двух катастрофических сражений он сумел добраться до Коринфа с остатками армии. Он сделал попытку прорваться оттуда к Патрам, но она была легко отбита.
Турецкий флот из 84 кораблей, в том числе семь линкоров и 15 фрегатов, ушел из Патр 30 августа8 под командованием нового капудан-паши Мехмеда, но двигался очень медленно и появился у Специи – на пути к Навплию – только 19 или 20 сентября. В распоряжении Миаулиса было 60 бригов и шхун и 10 брандеров, и основная часть флота находилась у города Специя. Только группа греческих кораблей ушла, взяв курс на Гидру, в надежде завлечь врага в этом направлении и атаковать с двух сторон. 21-го для такого маневра был слишком слабый ветер. Зато было много перестрелок с дальнего расстояния и неудачная атака брандера на турецкий фрегат. Мало движения было и 22-го, но на следующий день турки взяли курс на Навплий, что с южной стороны от Специи, а греки шли в этом же направлении северным каналом. И снова штиль помешал обеим сторонам добиться успеха. Утром 24-го турки находились в 20 милях от Навплия, греки не отставали, ожидая, что они войдут в самую узкую часть залива до атаки. Неожиданно, как раз когда наконец подул долгожданный ветер, Мехмед передумал и повернул свой флот в море, отправив дальше только один австрийский бриг с продовольствием для осажденного гарнизона. Этот корабль был легко захвачен. В течение трех дней турки оставались в устье залива, а греки наблюдали за ними от Специи. Затем, бросив Навплий на произвол судьбы, они 27-го взяли курс на бухту Суда на Крите, где их соотечественники были осаждены греческими повстанцами. Один из турецких бригов был захвачен и сожжен, но брандерная атака на фрегаты оказалась неудачной.