Турки вернулись в Митилену, но после того, как Миаулис вернулся на Псару. В середине октября они появились у Трикери, городка, расположенного в устье залива Воло, уже осажденного со стороны суши. Он вскоре капитулировал, и Хюсрев приказал атаковать остров Скиатос, находящийся в 20 милях к востоку, но, когда шла эта операция, был замечен греческий флот. Сражение в районе острова Понтикониси 23 октября не стало решающим, однако после него турки удалились в Дарданеллы, а греки, проведя мелкий ремонт у Скиатоса, 30 октября вернулись к Трикери. Они не успели оказать помощь, зато появились как раз вовремя, чтобы перехватить несколько турецких судов в канале, что к северу от Эвбеи. Среди них был 26-пушечный корвет, восемь бригов и два небольших судна. Корвет и четыре брига были захвачены, остальные нашли убежище в Агия-Марина, в заливе Ламия. По неизвестным причинам призы не были введены в эксплуатацию – их продали на Сире (Спросе).
На другой стороне Греции, на северном берегу Патрасского залива, большая турецкая армия угрожала Миссолонги (Месолонгиону) и только что отказалась от попытки захватить небольшой городок Анатолико, расположенный в нескольких милях дальше по узкому заливу, на котором стоит Месолонгион. Корабли, оставленные Хюсревом, блокировали оба города, и их гарнизоны остро нуждались в поддержке с моря. Однако ничего не было сделано до тех пор, пока лорд Байрон, который теперь активно поддерживал эллинское дело, лично обратился к греческому правительству и одновременно щедро подписался на заем, предназначенный на покрытие расходов греческого флота. Наконец, в конце ноября пять военных кораблей и брандер со Специи, а также восемь кораблей и два брандера с Гидры были посланы на помощь. Флот подошел к Занте 9 декабря и уже на следующий день повстречался с турецким бригом, идущим из Превезы с деньгами для турецких солдат в Патрах. Греки прижали его к берегу на острове Итака и забрали ценный груз, несмотря на нейтралитет Ионических островов. Турецкая эскадра ушла в Коринфский залив, открыв путь к Месолонгиону. Однако греки рассорились из-за добычи, и дело едва не дошло до сражения между контингентами Гидры и Специи. Потом флот с Гидры ушел домой.
Ослабление греческого флота сразу привело к возвращению турецких кораблей, причем они подоспели как раз вовремя, чтобы перехватить лорда Байрона, который 30 декабря отправился с Занте. Его корабль вошел в гавань Драгоместре, что примерно в 20 милях к северо-западу от Месолонгиона, и оттуда он добрался до места назначения 5 января. Остальные суда, которые следовали вместе с кораблем лорда Байрона, были захвачены и отведены в Патры, однако вскоре освобождены. Немного позже – 18 января – корабли со Специи тоже ушли домой, оставив турок на несколько месяцев хозяевами положения. Правда, те почти ничего не делали ни на суше, ни на море. В феврале они потеряли два брига – один потерпел крушение, другой взорвался – и в мае ушли в Александрию на соединение с египетским флотом.
Султан наконец был вынужден обратиться к паше Египта Мухаммеду Али, предложив использовать его более современные силы для достижения того, чего не могли добиться ни турецкая армия, ни турецкий флот, – подавления греческой революции. Он уже предназначил Крит для египетского паши, и покорение острова было почти завершено. Теперь он поручил ему вернуть Морею.
Для этого было необходимо доставить из Египта в Грецию большую армию, что, в свою очередь, требовало сбора многочисленных транспортов и объединения турецкого и египетского военно-морского флота для прикрытия их морского перехода. Тем временем оба флота вели операции, направленные на уменьшение возможностей греков для вмешательства. Они атаковали две главные базы греческого флота – остров Псара и маленький островок Каксос, расположенный в 30 милях к востоку от Крита.
Каксос пострадал первым. Обстрел 2 июня силами 17 египетских военных кораблей не был продолжен, но 18-го прибыли более крупные силы из 45 кораблей, и после двухдневного обстрела высадка войск привела к успеху. Около 18 вооруженных судов и 40 мелких плавсредств были захвачены или уничтожены, защитники острова были убиты, женщины и дети уведены в рабство. Как это часто случается, помощь опоздала. Несколько кораблей с Гидры находились в критских водах в апреле, но ушли после прибытия многократно превосходящих египетских сил. Поэтому о нападении на Каксос ничего не было известно, пока все не закончилось. Вице-адмирал Сахтурис вышел в море с 13 кораблями со Специи и 14 – с Гидры 29 июня. Флот подошел к Каксосу 3 июля. К этому времени египетский флот уже вернулся в Александрию. А уже 7-го Сахтурис был срочно отозван из-за нападения турок на Псару, которое на самом деле началось в тот самый день, когда его флот подошел к Каксосу.