Неожиданностью явился отказ турецкого гарнизона от капитуляции. Четырехдневный обстрел, сначала тремя бомбардирскими кораблями, затем галерами и кораблями флота Веньера, который прибыл 27-го, произвел не слишком большой эффект, зато привел к потере «Санта-Марии», зафрахтованного генуэзского судна, который взорвался, в результате чего погибла вся команда. Спасти удалось только 6 человек из 300. Стало ясно, что осада затянется надолго, а для операций на открытом берегу было уже слишком поздно. Поэтому Морозини решил оставить Мальвазию на следующий год и 12 сентября направил свой флот к Эгине, намереваясь атаковать или Негропонт (Эвбею), или Афины. Единогласно решили, что Негропонт – слишком сложная задача, и, соответственно, 21 сентября войска были высажены в Порто-Леоне (Пирей), что в семи милях от Афин, пока галеры стояли в заливе Эгины, немного южнее, а парусные корабли – между Аттикой и Негропонтом, то есть восточнее. 28 сентября, после обстрела, в процессе которого был сильно поврежден Парфенон, Афины капитулировали.
Тем временем, несмотря на неприсоединение к основным силам венецианского флота, мальтийские и папские галеры действовали. Сойдясь в Мессине в начале июня, они направились на восток и добрались до Триполи, когда услышали об эпидемии среди людей Морозини и увидели тосканцев, возвращавшихся домой. Они подошли к Корфу, оттуда направились в Отранто, затем к Порто-Фигера на Лефкаде, что в нескольких милях от Глимино, затем в Отранто и Галлиполи. Наконец было решено, что они могут безопасно присоединиться к отдельной венецианской эскадре у побережья Далмации.
Они снова вышли из Галлиполи 1 августа и 7-го уже были в устье залива Каттаро. Оттуда они пошли вверх по Адриатике до острова Курцола, где установили контакт с Джироламо Корнером, венецианским генералом-проведитором, который тогда был в Спалато (Сплит). Теперь вопрос старшинства возник в новой форме. Мальтийский генерал граф Гербештейн считал само собой разумеющимся, что он во всех отношениях главнее Корнера, а Корнер считал естественным, что венецианский флот в собственных водах не может быть отдан под командование иностранца. Благодаря посредничеству Ферретти трудность преодолели характерным способом, дав Корнеру ранг «исполняющего обязанности» генерал-капитана, позволив ему поднять на корабле свой штандарт и нести три фонаря, что соответствовало этому рангу.
Решение этой проблемы и снабжение союзников потребовало некоторого времени, и только 27 августа венецианцы покинули Спалато и присоединились к ним. Но даже когда объединенный флот 30-го отошел от Курцолы, он двигался двумя разными группами, поскольку три фонаря Корнера еще не прибыли из Венеции.
19 галер – 4 венецианские, 7 мальтийских, 6 папских и 2 генуэзские на папской службе – с 2 парусными кораблями, 2 бомбардирами и множеством вспомогательных судов подошли к заливу Каттаро 2 сентября, и на следующий день войска были высажены в районе Кастельнуово. Осада развивалась по обычному сценарию, с частыми обстрелами с галер и бомбардиров, до 29 сентября, когда оборона рухнула и осаждающие вошли в город. 4 октября союзники отбыли на Мальту и в Чивитавеккью.
1688 год стал свидетелем первой крупной неудачи венецианцев в этой войне, сорвавшейся атаки на Негропонт. Морозини провел зиму в окрестностях Афин: галеры стояли в Порто-Леоне, а парусники или ремонтировались у Курцолы, или использовались для выполнения транспортных и конвойных обязанностей. В одной группе кораблей под командованием Пьетро Загури в феврале разбились два из четырех парусников – «Император Леопольдо» и «Тре Ре», оба явно зафрахтованные корабли небольшого размера. Немного позже у Термиса потерпел крушение корабль «Мадонна дель Розарио», а в марте на Цериго – четвертый, «Кватро Фрателли». К тому же в армии и флоте свирепствовала чума.
Возможно, из-за этого, но не исключено, что из экономических соображений, Морозини решил уйти из Афин. Соответственно, 9 апреля его флот перешел из Порто-Леоне в Порто-Поро, что на южной стороне залива Эгина, между островом Порос и материком. Отсюда он 23 апреля послал Веньера с 8 кораблями и бомбером, чтобы атаковать Салоники, а тремя днями позже взял 19 галер и направился в короткое плавание к Андросу, южной оконечности Негропонта, Порто-Рафти, что в Аттике, Исола-Лонга (Макронизи), Эгине и обратно в Порто-Поро, куда прибыл 3 мая. Там Морозини узнал, что месяцем раньше был избран дожем.