Веньер вернулся 16 мая после обстрела Салоник и снова был отправлен в море 23-го, на этот раз с 9 большими парусными кораблями и 2 брандерами. Немного позже Морозини узнал, что турецкие войска в Кандии взбунтовались, и решил узнать, можно ли воспользоваться этим обстоятельством. Выйдя из Порто-Поро 9 июня с 22 галерами, он у Цериго присоединил к своему флоту еще 8 мальтийских галер, которыми командовал Камилло Спинелли. В этом году папского контингента не было, во-первых, из-за смерти папы, а во-вторых – из-за трудностей в отношениях с Францией. Тосканцы прибыли, но намного позже. К сожалению, появление флота у Кандии стало сигналом для турок, что пора укреплять дисциплину. Это они и сделали. Объединенный флот не мог ничего предпринять и ограничился демонстрацией силы. Морозини увел свой флот к Паросу, а оттуда 18 июня вернулся к Порто-Поро. Спинелли направился к Цериго, чтобы увести суда-снабженцы, и 6 июля тоже прибыл в Порто-Поро.
Передвижения парусных кораблей точно не известны. Очевидно, к Веньеру в конце мая присоединился Пизани, который занимался ремонтом на Курцоле. После недолгого плавания к северу от Самоса и Никарии в поисках турецкого каравана Веньер узнал, что капудан-паша и его галеры находятся у Негропонта. Он немедленно оставил часть своего флота под командованием Пизани, а сам отправился на поиски врага, однако после короткого отсутствия вернулся – новость оказалась ложной. На рассвете 15 июня, когда венецианцы находились к востоку от Наксоса, появился караван, сопровождаемый 9 большими турецкими парусными кораблями и 9 алжирскими кораблями под командованием Канарио, известного корсара. Сколько кораблей было у Веньера, в точности неизвестно, но представляется, что не меньше 11, и это не считая бомберов и брандеров16. Акции предшествовало сражение за наветренное положение, в котором 6 противников, возможно алжирцы, обошли с наветренной стороны венецианцев, которые, в свою очередь, находились с наветренной стороны от остального турецкого флота. Флот Веньера смело атаковал группу судов, оставшуюся с подветренной стороны. По крайней мере один из турецких кораблей получил повреждения мачт и, согласно венецианской версии, был спасен от захвата только наступлением темноты. На следующий день флот Пизани подошел к Паросу, а Веньер со своей эскадрой и каперами 22 июня достиг Термиса17.
Двумя днями позже Загури – амиранте, или третий по старшинству в эскадре, прибыл в Порто-Форо с Занте и сразу получил приказ принять под командование всех каперов и курсировать в окрестностях Тенедоса. Веньер должен был помочь в атаке на Негропонт, заведя свои корабли, шесть галер и вспомогательные суда в канал Трикери – к северу от острова. Задержка была вызвана крушением английского зафрахтованного корабля «Смирна Мерчант» 50 при выходе из порта, а также встречными ветрами, которые мешали галерам, и штилями, которые обездвиживали парусники. Тем не менее основная масса флота добралась до канала Негропонта 11 июля и 13-го высадила армию к югу от города.
Экспедиция завершилась неудачей. Четыре штурма оказались тщетными, и в последнем галеры получили серьезные повреждения. Сильный ветер пригнал их слишком близко к турецким позициям, и в шесть из них попали снаряды. Тосканцы, прибывшие 26 июля, ушли домой 20 сентября18, а мальтийцы последовали за ними 6 октября. В армии неистовствовала эпидемия. Венецианский генерал Кенигсмарк умер, и, хотя Морозини желал провести зиму там, где он был, командующие иностранными контингентами отказывались оставаться на острове. 22 октября флот с остатками армии направился к Термису, куда прибыл 25-го. Пизани принял на борт иностранцев и высадил их в Навплии, Короне, Модоне, Наварине и на Патрасе, после чего пошел на Корфу. Галеры Морозини перешли в Навплий на зиму. Галеасы зимовали в районе Толона, в нескольких милях от города.
Венецианцы достигли почти всего, к чему стремились. Если не считать Мальвазии, которая держалась до лета 1690 года, они завоевали всю Морею, однако были вынуждены уйти из Афин и потерпели неудачу на Негропонте. Болезнь помешала Морозини продемонстрировать свою обычную энергию, и в результате 1689 год оказался бедным событиями. Почти весь год тянулась блокада Мальвазии. В феврале 10 турецких галер доставили подкрепление на Негропонт. Им не помешало даже присутствие двух блокирующих эскадр: одна – под командованием Веньера, другая – под командованием Алессандро Вальера, его нового амиранте. Еще четыре галеры подошли к Негропонту позже, и турки также доставили запасы в Кандию. Что касается венецианской стороны, Веньер и Вальер в начале марта оба вернулись в Навплий: первый – для ремонта, второй – чтобы взять два корабля и выйти в плавание против берберских корсаров в устье Адриатики. Пизани, присоединившийся к коллегам в конце января, снова был послан на Корфу и в порты западного побережья Греции, чтобы вернуть войска с зимних квартир.