Куда более серьезную угрозу создавала для Бонифация враждебность со стороны Филиппа Красивого, которого он отлучил от церкви и которого угрожал сместить, после того как Филипп запретил французским священнослужителям повиноваться папе, призывавшему их в Рим. В ответ Филипп весной 1303 г. созвал Генеральные Штаты, где предложил призвать к ответу самого папу. Армия численностью 1600 человек отправилась в Италию; ей было приказано захватить Бонифация и доставить (насильно, если потребуется) во Францию. Нашли его в родном Ананьи, где он заканчивал буллу, в которой освобождал подданных Филиппа от клятвы верности своему королю, и взяли в плен. Через три дня протест народа, вставшего на его сторону, заставил войско отступить, однако эта миссия не прошла даром. Гордости старого папы был нанесен смертельный удар. Друзья папы — Орсини сопроводили его в Рим, где он через месяц скончался.
Бонифаций и Филипп были заклятыми врагами, однако дух средневекового папства оказался окончательно сломлен, а остаткам его престижа, еще сохранявшимся в Италии, пришел конец именно в результате их объединенных усилий. Когда в 1305 г. в Лионе на папский престол под именем Климента V взошел еще один француз, там же к нему присоединилась курия, и в течение последовавших семидесяти двух лет папы в Риме не было. Петрарка окрестил этот период «Вавилонским пленением», однако это выражение неверно: папы ни в каком смысле не являлись пленниками. Климент отправился в Лион по собственной воле и не собирался становиться марионеткой французского короля. Через четыре года, после ссоры с Филиппом, он даже перенес свой двор в Авиньон (именно потому, что этот город находился за пределами тогдашней Франции, но входил в провансальские владения Неаполитанского королевства, где папе легче было сохранять независимость). Ни он, ни его преемники по доброй воле никогда не ослабляли своего влияния на дела в Италии. Авиньон воспринимался ими только как временное местопребывание, до тех пор пока они не смогут в безопасности (и с удобством для себя) вернуться в Рим.
Находиться же в Италии было не только неуютно, но и опасно. После Фридриха II, коронованного в 1250 г., там не избирался ни один император Священной Римской империи. Теперь города Ломбардии и Тосканы не тревожили нашествия имперских войск, и они развивались, предоставленные самим себе. По большей части столь трудно доставшееся коммунальное управление уступало место деспотизму, когда тот или иной могущественный род — Висконти и Делла Торе в Милане, Монтекки (герои трагедии Шекспира), а позднее Скалиджери в Вероне, Гонзага в Мантуе — провозглашал свою власть. Существование множества мелких, но неограниченных по своему характеру диктатур, наложившееся на традицию междоусобной борьбы и подрывавшееся враждебностью буржуазии с ее коммерческими интересами, привело к глубинному брожению, затронувшему все стороны жизни Северной Италии. Правда, иногда оно вызывало к жизни новые творческие поиски, уже предвещавшие Ренессанс: Джотто родился в год смерти Манфреда — но в связи с ним в памяти куда чаще всплывают тирания и непрекращающееся кровопролитие. Что до великих северных республик, то Генуя и Пиза продолжали душить друг друга, пока Генуя не одержала решающую победу в 1284 г. Лишь Венеция оставалась относительно не затронутой воцарившимся хаосом, поскольку была опоясана морями и, таким образом, изолирована, а также благодаря своей тщательно сохраняемой олигархии, свободы от борьбы партий, а также грамотной системе сдержек и противовесов, которая сделала правительство этой «самой умиротворенной республики» чудом — и ужасом — всей Европы.
Флоренция являла собой еще один уголок, где среди окружающей суматохи царил относительный мир. В то время ее творческий потенциал был выше, нежели у какого-либо другого города-государства Италии; еще большего внимания она заслуживает тем, что породила, возможно, единственное — из когда-либо существовавших на белом свете — успешно действовавшее правительство, состоявшее из художников и мастеров. Фактический административный контроль находился в руках шести цеховых мастеров, именовавшихся приорами; их полномочия были очень велики, однако они сохраняли их всего в течение двух месяцев «за раз». За плечами у флорентийцев также была традиция глубоко укоренившегося гвельфского движения, благодаря которой она спаслась от множества феодальных усобиц, столь сильно терзавших другие города с менее счастливой судьбой, однако к концу века среди гвельфов произошел раскол и в 1302 г. — папа Бонифаций принял сторону «черных» — лидеры более умеренной партии «белых» были отправлены в изгнание.