Кубе завел дело о нарушении дисциплины на весь офицерский состав 2-го полицейского батальона. Он назвал «последней низостью» закапывать заживо евреев, чудом уцелевших после расстрела; закон и порядок в Белой Рутении, писал он, такими методами не установить. Кубе был антисемитом с большим стажем и еще в 1934 году говорил: «Эта бацилла чумы должна быть уничтожена». Он не возражал поэтому против «упорядоченной» ликвидации евреев и был готов этому способствовать. И вдруг он видит тысячи евреев, депортированных из Германии в Минск для уничтожения. Как только он узнал о прибытии немецких евреев, вся его идеология лопнула. Кубе-антисемит превратился в Кубе – покровителя евреев. Он обнаружил, что среди этих новоприбывших находились и такие, кто служил в армии во время Первой мировой войны и был награжден. Он составил их список и подал рапорт в РСХА, словно и не слышал ничего об «Окончательном решении еврейского вопроса». Гейдрих раздраженно парировал, что все идет как должно, а «в военное время есть более важные заботы, чем суета вокруг кучки евреев и трата бумаги на пустые рапорты, которые отвлекают моих помощников от работы… нахожу достойным сожаления, что через шесть с половиной лет после принятия Нюрнбергских законов я должен еще обосновывать подобные меры».
Кубе такая ситуация не устраивала. Он взял немецких евреев под личное покровительство и, узнав, что оберштурмбаннфюрер Штраух готовит новый шаг, поспешил сам с ним встретиться. Штраух даже не сразу понял, как это возможно – один из первых гауляйтеров рейха вдруг становится на сторону евреев. Земля ушла из-под ног ликвидатора. Вот его заметки: «Я подчеркнул, что для меня непостижимо, с какой стати немцы должны передраться из-за каких-то евреев. Я и мои люди то и дело слышим обвинения в варварстве и садизме, хотя мы всего лишь выполняем свой долг. На что Кубе возразил: „Такие действия недостойны немцев и Германии Канта и Гете. То, что репутация Германии упала во всем мире, – это наша вина, то есть вина СС“». Кроме того, он заявил, что это полная правда и его люди действительно получают удовольствие от казней.
Кубе не ограничился открытым осуждением казней как варварства. Он убрал из личной охраны сотрудников СС и держал под наблюдением акции эсэсовцев против евреев. Когда только мог, он срывал планы ликвидаторов. Например, на 1 марта 1943 года Штраух наметил ликвидацию 5 тысяч евреев минского гетто: их было велено собрать в определенном месте под предлогом «переселения». Кубе сделал так, чтобы истинные намерения Штрауха стали известны евреям, а те, кто состоял на службе в учреждениях генерального комиссариата, были негласно предупреждены, что в гетто возвращаться не следует. Штраух, обнаружив там лишь небольшое число евреев, пришел в ярость. Последовал разгул насилия, комиссар опять выступил с протестом. Штраух доложил своему высшему начальству: «Он страшно ругается на моих людей, используя такие выражения, как „ты, грязная скотина“ и „еще не такое услышишь“».
Гиммлер пожаловался министру по делам восточных территорий Розенбергу, который был главным начальником для Кубе, и Розенберг обещал сделать ему внушение. Но Кубе не сдался, поскольку чувствовал за собой поддержку непосредственного начальника, Генриха Лозе, рейхскомиссара Остланда, который тоже терпеть не мог СС. Когда была проведена еще одна массовая акция по уничтожению евреев, замаскированная под борьбу с партизанами, Кубе написал Розенбергу послание с критикой тактики СС. Он предупреждал, что отдача от подобных действий может быть «опустошительной», поскольку многие из русских, уничтоженных полицией, вовсе не были партизанами: «Если найдено только 492 винтовки на четыре с половиной тысячи убитых, это, по-моему, доказывает, что среди убитых было множество простых крестьян». 18 июня 1943 года Лозе заметил по поводу доклада Кубе: «Что такое по сравнению с этим Катынь? Подумать только – если противник обнаружит все это и захочет извлечь для себя пользу… Одна надежда – такая пропаганда будет неэффективной: никто из слушателей или читателей просто не поверит в такие вещи».
Хозяева машины террора зашли в тупик, не зная, как избавиться от своего врага в Минске, пока им наконец не помогли советские партизаны. Ночью 22 сентября 1943 года Вильгельм Кубе подорвался на бомбе, которую положила ему под кровать горничная – партизанка. Гиммлер сиял. «Кубе погиб во благо отечества», – заявил рейхсфюрер.