Вести об успехах Гейдриха застали врасплох лондонское «правительство в изгнании» во главе с Эдуардом Бенешем. Спокойствие в протекторате означает, что население пассивно принимает немцев, а это, в свою очередь, наносит удар по позициям чешских эмигрантов на переговорах с союзниками: получается, что они не пользуются поддержкой населения, а потому им трудно претендовать на более или менее серьезную роль в послевоенной Европе. Пока немцы под руководством Гейдриха проводят гибкую оккупационную политику, у эмигрантского правительства нет надежды на подъем сопротивления. Чешские изгнанники пришли к трезвому выводу: только убийство могущественного протектора может вызвать террор со стороны немцев и соответственно волну чешского сопротивления, а иначе оно не имеет ни цели, ни смысла.
В декабре 1941 года эмигрантский кабинет министров в Лондоне решил, что Гейдриха следует убить. Для этой цели избрали чешских военнослужащих Яна Кубиша и Йозефа Габчика. Вскоре после Рождества их обоих десантировали над территорией протектората с английского военного самолета. Кубиш и Габчик были хорошо подготовлены, они обучались в разведшколе под Манчестером и прошли диверсионную подготовку в Камбусдарохе, в Северной Шотландии.
Гейдрих каждый день ездил в Прагу из своего летнего дома в Паненске-Брешене. Ездил он без охраны, только с шофером, в открытом автомобиле. И на этом пути диверсанты подыскали хорошее место в пригороде, где дорога Дрезден – Прага делает крутой поворот. На повороте машина Гейдриха, естественно, должна была сбросить скорость. Кубиш и Габчик, получив в подкрепление еще двух диверсантов, определили, кому где стоять вдоль дуги. Все четверо были вооружены автоматами и ручными гранатами, спрятанными под плащами. Один из них, Вальчек, должен был стоять перед поворотом и свистом предупредить о появлении машины.
Утром 27 мая 1942 года все было готово. 9.30 утра – обычное время, когда Гейдрих проезжал здесь. Ничего не происходит. Время бежит – открытый зеленый «мерседес» не появляется. Заговорщики прождали около часа и начали нервничать. Наконец Габчик с Кубишем услышали свист. Габчик распахнул плащ, выхватил автомат и бросился на дорогу. Автомобиль показался из-за поворота. Сквозь ветровое стекло ясно было видно бледное лицо Гейдриха. Габчик взял его на прицел и нажал на спусковой крючок. Ничего. Еще раз взвел курок – опять ничего. Из-за спины раздался отчаянный крик – это Кубиш выхватил ручную гранату и швырнул ее в машину. Граната упала на заднее сиденье и искорежила автомобиль, но Гейдрих, на вид невредимый, вытащил из кобуры пистолет, крикнул что-то шоферу, выскочил на дорогу и открыл огонь по нападающим, обратив их в бегство. Гейдрих уже догонял Кубиша, когда чех увидел шанс спастись. В это время навстречу друг другу шли два трамвая, и Кубиш ухитрился метнуться между ними, ускользнув от Гейдриха. На обочине был оставлен велосипед, так что один противник скрылся. Тогда Гейдрих повернул к другому. Габчик еще пребывал в шоке оттого, что автомат так его подвел. Только теперь он осознал, что опасность грозит ему самому. Вынув из кармана пистолет, он прыгнул в сторону и, стреляя на ходу, стал удирать перебежками. И тут он увидел, что Гейдрих швырнул пистолет на землю: у него кончились патроны. Внезапно Гейдрих пошатнулся, схватившись рукой за бок. Теперь стало ясно, что Гейдриха они не упустили. При взрыве гранаты в машине осколки стали и куски обшивки воткнулись ему под ребра и в живот. Частицы конского волоса из сиденья попали даже в селезенку. Врачи не смогли спасти Рейнхарда Гейдриха. 4 июня 1942 года он умер от ран. От повелителя величайшей системы террора в германской истории осталась лишь посмертная маска – представление о макиавеллизме, свойственном СС. Одним из первых увидел эту маску доктор Венер из криминальной полиции, которому было приказано расследовать это дело. Он записал потом: «Обманчивые черты. Пугающая одухотворенность и какая-то извращенная красота, словно портрет кардинала времен Ренессанса».
Как бы то ни было, лондонское правительство в изгнании добилось своего. Волна террора, одна из самых гибельных за весь период Третьего рейха, прокатилась по Богемии и Моравии. 10 тысяч чехов были арестованы, из них 1300 расстреляны, включая все мужское население деревни Лидице под Прагой, где будто бы укрылись напавшие на Гейдриха. Деревню сровняли с землей. Убийцы Гейдриха и правда оказались среди жертв этой дикой «ответной меры», но по чистой случайности.
Уже после войны английский парламентарий, лейборист Р. Пэджет заявил: «Партизаны часто специально провоцировали карательные действия, чтобы усилить ненависть к оккупантам и вовлечь в сопротивление побольше людей. Такова была главная идея, когда мы перебросили в Чехословакию команду для убийства Гейдриха. В основном чешское движение сопротивления было прямым результатом последовавших за этим репрессий СС».